5月26、27日，中大第十次係科代表大會開會，討論“是否休止罷課”、“定‘六二’為反饑餓、反內戰、反暴行日”和“擴大宣傳周”等問題，議決：關於休止罷課，不考慮；關於“六二”大遊行；104票讚成，5票反對。
事實上，上海局於5月24日就已電告中共中央，說：
為鞏固戰果，爭取社會更大同情，教育中間分子，躲過敵人之攻勢，避免過早與敵人決戰，以便累集力量在決定關頭使用。由於群眾疲勞需要休息，預備力量（職工）還不能投入戰鬥，上層配合還不夠有力，還須加強（過去我們不管，現我們將自動接收這一工作），全國性組織建立後要加以整理，更因為新的更尖銳更大的鬥爭將在前麵，必需有所準備。因此，趁我聲勢還浩大，上層分子已有配合，群眾情緒還高漲，敵人內部對學潮政策有分歧，還未統一的時候，主動決定暫時停止罷課，一麵上課，一麵鬥爭，上罷帶彈性鬥爭策略。
上海局委員、負責青年工作的錢瑛於5月25日前也指示，為了爭取廣大中間同學和社會同情，要改變“無限期罷課”的策略，並提出“休止罷課，繼續鬥爭”的口號。
5月28日，中大新青社領導小組繼續研究當前運動“怎麼辦”的問題。會上，領導小組成員翁禮巽提出“要複課”，但沒有得到領導小組其他成員的響應，領導小組組長顏次青回憶說：“我思想上雖然已認識到繼續上街遊行，必將遭到屠殺，損失將十分沉重，是不能再硬衝了，但對複課又有猶豫。”顏之所以沒有響應，主要是他還沒有得到上級黨組織的指示，而翁已得到了。當時，黨組織與翁、顏兩人的聯係不是一條線，因此，各自從上級得到指示的時間有差距。29，日顏從蔣祖榆那裏得到同樣的指示。這樣，中大新青社領導小組在29日再次開會時，思想趨於一致，也就作出了如下決斷：取消“六二”遊行示威，改為召開校內“反饑餓、反內戰、反暴行大會”，並立即複課，轉變鬥爭方式，一麵上課，一麵交涉，堅持請願要求，保持進攻的姿態，逐步退卻，不能是一退千裏，消極的退，而是為了鞏固勝利成果，保護革命力量的退。這個意見，迅速傳達給新青社各級組織和新青社員，特別是戰鬥在學生自治會第一線的新青社員。
上級指示下達之所以不很快，與當時南京學運上層領導正在調整有關。五二遊行不久，上海局把它所領導的中大等校平行線黨員（約40名）以及新青社員（約100多名）、新青秘工小組（約幾十名）的關係陸續交給了南京市委，衛永清參加了南京市委學委。當時，學運中有兩個問題亟待解決：一是如何勝利結束五二運動，也就是解決“無限期罷課”和取消“六二”遊行。5月28日，王明遠傳達了市委的意見，也就是前麵談到的蔣祖榆向顏次青傳達的意見。二是整頓組織。市委在學委下麵成立了大專分委、男中分委、女中分委，衛永清被任命為學委委員、大專分委書記。6月，中大從四川複員來南京的黨員成立了支部（與原臨大支部平行），第一任支部書記為羅炳權；金大也成立了支部（原上海市委領導的新生支部與之合並）。
為落實南京市委關於轉變鬥爭方式的指示，中大學生自治會做了艱苦的說服工作。首先，京滬蘇杭豫五區學聯主席團於30日晚開會。據李明杠回憶，會議分析了形勢，研究了對策，統一了如下看法（大意）：運動無休止地罷課並不策略，應該既堅持鬥爭，回擊國民黨高壓政策，又講究策略上的靈活性，善於利用國民黨上層的矛盾（如立法院內部有人認為對學生運動不能用高壓手段，而主張用疏導的辦法解決）。在取得局部勝利後，即轉變鬥爭的方式，暫時休止罷課，轉入複課鬥爭。這樣做，絕不是鬥爭的結束，而是堅持了有理、有利、有節的原則，以團結更多的群眾，爭取更多的社會同情，從而迫使政府作若幹讓步，為以後發動更大規模鬥爭作準備。五區學聯主席團還作出三項協議，六二不舉行全國範圍的罷課遊行，但各校仍可在校內搞六二“反內戰日”活動。由中大起草，以五區學聯名義，在6月2日發表《告全國同學書》。六三開始休止罷課。
31日上午9時半，召開了中大第十一次係科代表大會，順利通過了五區學聯的三項協議。
31日，首都衛戍司令部發布中大戒嚴令，並令嚴厲執行，還派人交給中大訓導長劉慶雲一份黑名單，表示要逮捕所列學生40人。訓導長在校長吳有訓的支持下，當即嚴正拒絕。經參政會、立法院一些有識之上以及中大校長、訓導長等人的奔走，下午5時戒嚴令被收回，但國民黨當局要捕人的威脅並未完全消失。為了防患於未然，經中大新青社領導小組、學生自治會理事會的統一安排，運動中的積極分子盡量作了疏散：有的離開學校在京臨時避“風”，有的去上海、蘇南暫時躲“雨”。霎時，淒風苦雨夜沉沉，白色恐怖風滿樓，中大似有人去樓空之勢。但學生自治會以王世德、朱成學、黃鶴禎為首，依然堅守崗位。當然、他們晚上也轉移住地，以防萬一。