三是加強軍官隊伍的建設。除懲治違犯軍紀的軍官和淘汰無能的軍官外，將決定留用而無學曆的軍官，分批送到講武堂培訓。軍官的提拔則采用考試辦法，著重提拔那些受過近代軍事教育，有學曆的軍官。為此，奉軍在整編中甚至明確規定：凡各師、旅的參謀長及各團掌握教育的副團長，一律改由軍校出身的人充任。奉軍還一改其他軍閥軍隊隻能由行伍出身的人帶兵的習慣，規定如遇團、營長出缺，可調該部參謀長、團副或軍校教官充任，使軍校出身的人也有帶兵的機會。
為了確保奉軍有足夠的受過軍校教育的軍官，或使所有的現任軍官都能受到軍校教育，一方麵大批地吸收從國外回來的留學生和國內陸軍大學、保定軍校等出身的軍官，到奉軍任職，另一方麵擴建東北陸軍講武堂。講武堂由張作霖親自兼任堂長，由張學良兼任監督，由從日本陸軍大學畢業的肖其煊和中國陸軍大學畢業的郭鬆齡等任教育長和教官。在擴建東北陸軍講武堂的過程中，尤其是在第一次直奉戰爭失敗以後，張作霖舍得花錢，購買了當時比較先進的設備，下決心要把講武堂辦成全國一流。確實，由於張作霖的重視，在當時中國各派軍閥所辦的講武堂或軍校中，無論是教官還是設備，東北講武堂均屬一流，在為奉軍培養各類人才方麵，起了重大的作用。
四是樹立示範部隊，加強部隊的訓練。由於張學良、郭鬆齡直接統率的第三、第八旅早就采用了新方法進行訓練，在第一次直奉戰爭中表現出色，故在整編中，遂將由原第三、第八旅改編而成的第二、第六旅，作為奉軍的示範部隊。一方麵繼續加強這兩個旅的建設，從軍官的調充到武器裝備的配備，都給予重點保證；另一方麵則將兩旅的訓練方法，在奉軍各師、旅中推廣。為了提高訓練質量，從1922年秋季開始，奉軍開始實行按季校閱、評分製度，獎優罰劣。這對奉軍戰鬥力的提高確有作用。
張宗昌在鎮壓高士儐、盧永貴的反叛之後，所部大大擴充，但成分很雜，猶如一群烏合之眾，紀律很差。奉軍整訓開始後，張宗昌也不得不按規定對所部進行訓練。可是，由於張宗昌不重視，不肯動真格的，故訓練了一年，部隊麵貌仍無根本改觀。張作霖曾多次派人告誡張宗昌，命他抓緊訓練，見效甚微。眼看1923年的秋操校閱就要到了，負責評閱的張學良、郭鬆齡、李景林也很著急，便將情況報告張作霖。張作霖一聽來了火，單獨召見了張宗昌。
在奉軍中，張宗昌誰也不怕，就怕張作霖。聽說大帥召見，張宗昌不敢不來。他心裏有點發毛，但走進大帥府老虎廳時，卻故意嬉皮笑臉地說：“老爺子，宗昌來了。”不料，張作霖見他如此隨便，把眼一瞪，厲聲說道：“媽拉個巴子，跟我過家家玩哪？出去！重新進來！”經這麼一訓斥，張宗昌才想起軍風軍紀，隻好立正，向後轉，開步走，回到門外，然後大聲說：“報告！張宗昌到！”在得到張作霖允許他進來的答複後，張宗昌才進來，向張作霖敬了軍禮，並以立正姿態聽他訓話。張作霖首先指著張宗昌的鼻子問道：“效坤，你一年要花我多少錢？”“報告，180萬。”張宗昌答。“我拿這麼多錢，養活你們，你們也得給我爭點氣啊！他媽的，你那群土匪隊伍就不能整頓整頓嗎？”張作霖連訓帶罵地說。張宗昌辯解說：“大帥，宗昌正在整頓。”“整頓他媽個蛋！聽說你們種大煙都忙不過來。這回秋操演習，看看你的隊伍咋樣！要是還不像話，到時候可別怪我不客氣。去吧！”聽張作霖這麼一揭老底，張宗昌不敢再辯了，低頭連說幾個“是”字，然後，敬過軍禮，退了出去。張宗昌回去後，果然不敢怠慢，玩命似地對其所部整訓了一番。秋操校閱時，他的部隊仍比不上其他部隊，但畢竟有了一定改觀。
五是改革軍需製度，實行軍需獨立，補充統一。奉軍以往也同其他軍閥部隊一樣，軍需製度十分混亂。盡管由於東北的財政狀況較好，奉軍發餉和槍械的補充比其他軍閥的軍隊正常得多，但部隊自行籌餉，軍官吃空額、多報少支、貪汙中飽的事，仍屢見不鮮。各部隊長官所用的軍需官大多是親信，即所謂的姥爺、舅爺、姑爺等“三爺”人物，把軍需部門視為自己的私人賬房。大大小小的軍官整天想的就是弄錢、發財，無心軍事訓練。經過第一次直奉戰爭，張作霖等人認識到必須改革奉軍的軍需製度，並將其作為整頓的重要內容之一，為此采取了不少措施。首先，是實行軍需獨立，凡各師、旅的軍需官，均須經督軍署軍需處審核後任免，禁用私人；以團為基本的經理單位，各營的軍需官均集中於團部集體辦公。其次是統一供給，不允許各部自籌。將糧餉分開，糧食一律供給現品，柴、菜供給發給代金；官兵餉金一律由上級派人到部隊點名發放，不準吃空額。此處，嚴格會計製度，各部隊購買軍需用品，一律按月記入新式賬簿，上級則加強檢查，不準多報少支。為了適應上述改革的需要，奉軍還大力培訓了一批專門的軍需人員，使各部隊的軍需官佐皆由具備專門知識的人擔任。
除了對現有奉軍進行整頓外，張作霖、張學良父子還花大力氣擴大空軍、創建海軍、擴建兵工廠。