張勳的作為，使趙爾巽大為賞識，立即奏請朝廷予以獎敘。慈禧太後特降“懿旨”賞給張勳頭品頂戴，並諭著以提督記名簡放，同時免去了他的宮廷宿衛之職，讓他專心在外帶兵。這樣，張勳便圓滿結束了整整五年的皇宮衛隊長職任，成了東北地方部隊的一名重要將領，為袁世凱在東北地區的進一步擴張建立了軍事基礎。
不久，朝廷宣布改變東北官製，由過去的將軍治理製改為總督、巡撫治理製，以便與全國其他地區的地方建製取得一致。這是公開場合宣稱的改製理由。實際上，這仍是袁世凱進一步控製東北的重要步驟。因為就在這次改製中，趙爾巽被調往湖北，而由袁世凱的心腹徐世昌出任東三省首任總督。按理說，這時候，袁世凱應該兌現他給張勳暗許的諾言，趁此機會為張勳在東北謀一方地盤。然而，事實卻不是如此。這會兒，除總督之外，東三省一共增設了三名巡撫，袁世凱公然把他的幹兒子段芝貴由一名候補道員直接超擢為黑龍江巡撫，都沒有給老資格的張勳弄個巡撫當當。徐世昌就任總督後，任命他為東北行營翼長，節製東三省巡防各軍，勉強算是個東北地方部隊總司令，仍然沒有地方行政管理之權，而純粹當個武夫。這不能不使張勳大失所望。
然而，張勳的堅韌耐勞的一貫品性又在這時支撐著他的失衡的心理。他不僅沒有半句怨言，反而幹得更加起勁。他迅即幫助徐世昌進一步把整個東北奉軍整編為前、後、左、右、中五路巡防隊，安全納入了袁世凱的北洋體係。至此，整個東北完全成了袁世凱的一統天下。
在整編中，張勳繼續扶植和重用他的土匪老弟張作霖。他不僅建議徐世昌提拔張作霖本人擔任了前路巡防營統領，而且把張作霖的難兄難弟吳俊升、馮德麟、馬龍潭等也分別提拔為後、左、右各路統領，使張作霖統率的兵力由幾百人增加到7個營計3500餘人，成了維持奉天治安的基本力量。張作霖的地位由此獲得了一次巨大的飛躍，為他以後成為整個東北的統治者打下了最初的基礎。張作霖後來曾經忘恩負義在東北驅逐過他的“義父”張錫鑾，但從大體上說，他對張勳的情義卻一直保持了終生。
由於張作霖已成了奉天治安的頂梁柱，張勳便率領他的直隸巡防營舊部4000餘人馬北移到吉林、黑龍江兩省，與剛從直隸調入東北的北洋精銳第三鎮和另外兩個混成協一起，向整個東三省的“紅胡子”發動了全麵的清剿。他本人還親臨吉林的寧古塔、蜂蜜山，黑龍江的綏化一帶、江清鐵路沿線地區，以及牡丹江流域等處，指揮搜剿，救出了一些被各地土匪捉去勒索贖金的俄國商人和日本測繪人員，整個東北三省的匪患基本被鎮壓了下去，使日、俄兩個強盜得以安心地在東北經營他們的殖民事業，而徐世昌這個東北的假主人，也就大受侵略者的讚賞，稱他“對付匪患和治理地方的才能比趙爾巽強多了。”
徐世昌世稱“水晶玻璃球”，是一個老奸巨滑的文職官僚。他青年時代曾和袁世凱玩得很好，並曾接受袁世凱的資助進京赴考，得中進士，此後又因袁世凱的推薦得為高官。他根本就不懂得什麼軍事。他在東北的治安“成績”，在很大程度上是得力於張勳的幫助。張勳早在小站練兵當年就曾和徐世昌同事（當時徐任參謀營務處谘謀），對於徐的那副脾氣和德性早已了如指掌，並且在心眼裏頗有幾分看不起他，尤其討厭他那副滑頭滑腦的為人處世作風。徐世昌並非不知這一點。但他一方麵離不開張勳在軍事治安方麵對他的幫助，另一方麵也知道慈禧太後對張勳的恩眷甚深，因而，他不能不對張勳優禮相待和表示格外的倚重。他呼張勳為“大哥”，布置工作總用商量口吻，每當向朝廷和袁世凱彙報情況，也往往多有讚語，弄得張勳還真被他這套籠絡手法所打動，不禁對他漸漸有了一些好感。他尊稱他為“徐公”，每當進京覲見慈禧太後時，他都向太後誇他“謙恭下士，善能用眾，精於謀略，巧於調度”，是一位“治世良才”。他利用一切機會頗像是真心實意地報答著徐世昌的“優禮和厚遇”。可是，他並沒有忘記無論是徐世昌還是袁世凱，他們始終不即不離地把他籠絡在北洋體係之中的目的，任何時候都不過是在利用他為自己的利益賣命而已。隻是由於他還無法突破他們的統治，他才不得不因時就勢地和他們巧妙周旋著。
榮任提督念舊恩，蒙受重用待身後
袁世凱曆來對張勳最不滿意的是他與慈禧太後的直接聯係。袁世凱的親信除已經升任總督的徐世昌之外，都不與皇太後直接聯係。他們惟袁世凱之命是從，早在小站時期，就養成了隻知世上有袁世凱而不知有皇上的習慣。而張勳在這一點上卻遠不如他的親信們那樣單純。而且，這家夥雖然看起來笨頭笨腦，但他的自主意識卻強得很。袁世凱每次委派他出差，他向來就是隻問目標，不問手段，一出門，他就隻按自己的辦法幹。這種人一旦當上總督、巡撫，你就很難指望他像其他北洋弟子們一樣繼續成為自己的忠實奴仆。因此，袁世凱對張勳的個人前途的關心便遠不如對其他北洋門徒。但是，對於張勳這樣一名勞苦功高的老資格屬員，而且最起碼，就目前情況看來，他還是相當忠誠地在為北洋集團奮力拚搏的情況之下，袁世凱也不能完全不考慮他的個人利益。因而，就在1908年2月，在袁世凱和奕？的推薦下，慈禧太後諭旨補授張勳為雲南提督，並加恩賞穿黃馬褂。