從董其武本人來說，是願意跟著傅作義走和平之路的，可是他也有很多顧慮和困難。例如怕蔣介石政府一下子停止軍餉供應會引起部隊的混亂，怕劉萬春的部隊和蒙旗王府的武裝搗亂破壞，特別是怕他的部下在國民黨特務和山西閻錫山（綏遠的軍人大多與山西有較深的曆史關係）的挑撥離間與威逼利誘之下出現內部分裂。因為他的部下長期駐綏遠，相對比較封閉，對於共產黨和解放軍還有不少誤解，有的人總想在邊陲之地占山為王，有的人害怕自己今後的生活沒有保障，當時有這樣的說法，比較集中地反映了一些軍官的情緒：“信不信，用不用，算不算舊賬，身家安全有無保障。”有的人甚至公開謾罵談判是投降，謾罵“傅作義已經出賣了北平，現在又來出賣綏遠”。在這種情況下，董其武經過20多天，才在原協議基礎上作了一定的修改之後，同意了協議，並派原綏遠省幹部訓練團教育長康保安到北平，代表他做協議的最後定稿工作。
對於董其武對協議草案的修改，我方當即表示全部予以采納。雙方又進行了逐條的仔細斟酌，終於達成了完全一致的意見。5月31日，中央書記處作出批示，同意並批準這一協議。
5月28日，雙方代表在西交民巷的銀行俱樂部舉行了協議的草簽。
6月8日，在華北人民政府會議室內，《關於綏遠劃界、交通、金融、貿易、派遣駐歸綏聯絡機構等具體問題的協議》（以下簡稱《綏遠和平協議》）由協商委員會的雙方委員（當天李井泉因故缺席，由張友漁代簽）正式簽字。協議的中心是：雙方同意以陶卜齊與白塔間的古立板烏素為中心，向南向北劃定界線，南到黃河岸邊的喇嘛灣，北到四子王旗，雙方軍隊不得越線，並停止一切衝突，和平相處；恢複平綏鐵路旗下營至歸綏一段的交通，通郵通電；恢複商業貿易往來，確定雙方貨幣兌換辦法；原來綏遠省的軍隊與政府均暫時保持現狀，以保持社會安定，通過一段時期的工作，促進起義，達到和平統一。為了執行這個協議，由華北人民政府派出駐歸綏聯絡機構，協同執行協議和協調有關事項。
傅作義和鄧寶珊都參加了簽字儀式。儀式結束之後，協商委員會的委員和傅作義、鄧寶珊立即驅車到了中南海的豐澤園，毛澤東、周恩來、朱德、聶榮臻、薄一波在那裏等候他們，為他們祝賀慶功。