7月24日，李登輝邀請卜睿哲打高爾夫球，陪同打球的還有“副總統”連戰、“總統府資政”丁懋時、“國安會秘書長”殷宗文、黃昆輝、“陸委會”主任蘇起等。
7月25日，卜睿哲與海基會董事長辜振甫見麵，當天下午，卜睿哲搭機返美。
卜睿哲訪問台灣，基本上是當麵了解台灣當局對“兩國論”的解釋，他自己聲稱隻是聽，不表達什麼意見，但是他在返回美國之前，在機場發表了一個書麵講話，重申了美國政府的“一個中國”政策。而卜睿哲在台灣期間，台灣當局領導人，眾口一辭，基本上仍然是重複過去的老調。
倒是卜睿哲在台灣所受到的待遇引起台灣媒體的強烈不滿。台灣著名政治評論家耿榮水在《獨家報導》上撰寫文章評論道，卜睿哲本人在美國的外交圈子裏是個很不起眼的角色，他到台灣來，隻是個信差，但是這個信差卻在一天之內，將台灣所有高官一網打盡，第二天還由李登輝親自陪同打球，尤其令人不快的是，打球時，所有的人包括李登輝都著長衣長褲，顯示對客人的尊重，作為客人的卜睿哲，卻是一身短衣短褲，露胳膊露腿，實在是太沒有禮貌了。耿榮水質問，台灣的尊嚴何在。
戰機掛彈黑客開打
就在辜振甫和“陸委會”連續對李登輝的“兩國論”進行辯解的同時，兩岸的軍事對峙局勢仍然緊張。大陸戰機頻頻衝破海峽中線，新型遠程導彈實驗成功。對此，台灣“國防部”一再向民眾喊話，說大陸軍方沒有任何異常動作。
雖然台灣軍方一再宣稱大陸軍方沒有動作，但是據台灣媒體自己透露，李登輝拋出“兩國論”之後第三天，大陸戰機便開始有不同尋常的起降頻率，在不到20天的時間內，起降次數達100多次，而且每次出海都是掛彈飛行。
台灣軍方將所轄空域劃分成北、中、南三個區域，大陸戰機升空出海，台灣就以上述空域劃定責任範圍，除了所屬區域的空軍基地戰機升空外，還征調附近空域訓練用的戰機，原則上，大陸戰機有多少架出海，台灣戰機便在該空域保持對等架數。由於大陸戰機每次出海都是掛彈，所以，台灣的所有戰機包括訓練用的戰機也都掛彈。
據台灣媒體透露，台灣的二代戰機每架升空出海1小時，所費成本為80萬新台幣，自從“兩國論”出台後，台灣空軍飛行員相當辛苦，空軍作戰司令部更是日夜通明，包括空聯官、空監官與戰管官，甚至空軍作戰司令，都是24小時執勤，全程監控大陸空軍動態。
兩岸戰機雖然沒有真的交火，但是在互聯網世界，兩岸黑客卻開始交手了。據台灣媒體透露，“兩國論”後，大陸黑客開始有計劃地入侵台灣官方及民間網站，台灣的電腦危機處理小組發現，台灣的“監察院”“營建署”“新聞局”“勞委會”“屏東縣政府”“國家資訊通訊基本建設小組”以及台灣大學圖書館、工業技術研究院等網址被大陸黑客占領，貼上五星紅旗和討伐李登輝的文章。而台灣的電腦黑客也不甘示弱，紛紛對大陸的網站進行攻擊，也將一些網址的主頁破壞，換上了青天白日旗。
對於兩岸黑客的交手，台灣當局表示，這對緩解兩岸局勢沒有幫助，希望兩岸的電腦高手們停止交手。
最近台灣的電腦黑客又在網絡上放出風聲，要製造一個比CIH更厲害的病毒，在大陸國慶時投放出來，破壞大陸的電腦。
辜振甫和台灣“陸委會”對李登輝“兩國論”的解釋雖然堅持了李登輝的立場，但也可以看做是台灣當局緩和兩岸局勢的一種姿態。不過，向來不以常理出牌的李登輝又有了新的動作。
8月10日，李登輝在出席一個女性領導者研究班作精神講話時表示，“中華民國”已經被逼到角落，沒辦法生存了，所以他才提出“兩國論”。有人說是幕僚做得不好，以至於全世界每個國家都為此鬧得很厲害，但其實這樣非常好，“越鬧越大”“越鬧越好”，讓大家都知道“中華民國”地位的困難。李登輝說，明年的此時他就不是“總統”了，現在他把國家的定位說出來，以後誰來做“總統”都非常好做事情。