雖然有許多有識之士的反對，但是台灣當局意圖修改相關法律的動向昭然若揭。
“兩國論”入憲問題
民進黨內部也在14日就“兩國論”開會，仔細評估將之入憲的可能性。對民進黨來說，如果能將“兩個中國”寫入憲法，再將相關條文加以修正，就已初步達到“製憲”目的。若北京和國際間的反應不是太大，民進黨考慮以較大彈性，來和國民黨協商修憲事宜。
不過，民進黨中央在15日也收到來自美國在台協會的“關切”，美國在台協會告知民進黨，“兩國論”已對美方造成困擾，希望民進黨自製，不要再有進一步的動作，以免引起更大風波。
“總統府”人士指出，北京對台灣將任何可能有“獨立”意味的議題入憲，都十分在意，目前將“兩國論”入憲風險太高，因此高層不會考慮。此外，為了避免問題複雜化，模糊了焦點，高層也暫不考慮修改國統綱領或其他相關的法律。
“國安會”高層人士表示，“兩國論”的設計重點，在突破北京所提“一個中國”模式，這個模式是以“一個中國”為前提，結論則為“一國兩製”。“兩國論”則是台北以國際法突破“一個中國”框架，尤其在我國政府全力促使台北開啟政治性談判，美國也推動兩岸中程協議的情況下，台北無法固守在兩岸事務性談判上，“兩國論”就是為了開啟政治性談判的大門，把兩岸的對等形式，予以更明確且更具國際法意義的表述，他指出，“特殊的國與國關係”是指以統一為前提，兩國統一於自由、民主及均富下。
引發台海危機
辜振甫重申“兩國論”
李登輝拋出“兩國論”後，大陸海協會長汪道涵先生能否如期訪台成為各方關注的焦點。
在李登輝發表“兩國論”的第二天，7月10日，辜振甫附和李登輝的言論，強調說，兩岸本來就是兩個獨立的政治實體，“政治實體就是國家，兩岸會商就是國與國會談”。
對於辜振甫的表白，7月12日，大陸海協會長汪道涵在接受記者采訪時說：“我對台灣媒體報道的辜振甫先生關於兩岸會談就是‘國與國會談’的說法表示驚訝，因為這種說法使海協、海基兩會的接觸、交流、對話的基礎不複存在。我希望辜振甫先生予以澄清。”
因此，辜振甫如何對自己的言論進行解釋就成了汪道涵先生能否訪問台灣的先決條件。7月28日，《自由時報》再次發表社論，題目為《政府絕不可從“兩國論”的正確立場撤退》，此社論等於是對辜振甫即將發表的說明的一種期待。30日，《自由時報》又發表社論，題目為《國大代表應將“兩國論”入憲俾向曆史負責》。
7月30日，辜振甫終於發表了他的解釋，關於李登輝的“兩國論”，辜振甫說：“李總統的談話，明確說明中華民國是主權獨立國家的現實，充分反映了中華民國在台灣民主社會2200萬人民的心聲，這也是強調兩岸分治對等的立場。”
雖然辜振甫在講話中還表達了兩岸追求統一的意願，但他從一開始就為李登輝的“兩國論”辯護，毫無退讓跡象。
31日，《自由時報》發表社論為辜振甫的講話打氣，題目是《我們切不可從“兩國論”的底線上退卻》。
辜振甫的談話稿由台灣海基會傳真給大陸海協，兩個小時後，海協退回了辜振甫的講話稿。據台灣海基會秘書長許惠！事後說，大陸海協原來打算立即退回講話稿的，因為海基會的傳真機占線，所以兩個小時後才傳過來。
辜振甫的講話一發表，許多專家均認為，汪道涵訪問台灣的可能性幾乎降為零。
在辜振甫發表談話之後，8月1日晚，台灣“陸委會”再次發表題為《對等、和平與雙贏》的政策說帖，對李登輝的“兩國論”進行解釋，這是台灣當局自“兩國論”事件發生以來第一次“官方”的正式解釋。
“陸委會”的說帖分七個部分：
一、以對等地位開創跨世紀的兩岸關係。認為李登輝的“兩國論”既未扭曲事實，也未誇大渲染，更沒有排除未來兩岸統一為民主新中國的目標。
二、反對中共霸權式的“一個中國原則”。