江水北調是南水北調東線工程係統最重要最複雜的組成部分，通過揭示江水北調水資源係統的組成，江淮和沂沭泗多種水源的互濟關係和係統的調節性能，係統內水資源的供需狀況和基本矛盾，運行調度的基本原則和規則，以及工程管理的辦法與經驗，為南水北調東線運行管理研究提供必不可少的基礎。
二、來水預報和用水預測
跨流域調水係統的來水預報和用水預測信息是進行跨流域調水工程運行調度和管理的重要依據，為此首先要建立南水北調東線範圍內的來水預報方案和用水預測方案。來水預報包括年來水預報、月來水預報和旬來水預報；用水預測包括年用水預測、月用水預測和旬用水預測。
三、年優化調度
進行南水北調東線工程年優化調度研究，旨在研製東線工程沿線8個湖泊和窪澱的優化調度圖。在工程未來運行中，根據當年來水和需水預測，應用所編製的調度圖製定該年全係統的調度計劃。調度圖利用工業用水北調控製線、農業用水北調控製線和最大蓄水控製線，把每個湖泊和窪澱的庫容劃分為工業蓄水庫容、農業蓄水庫容和最大蓄水庫容等不同區域，分區擬定調度規則，可更好地實現南水北調工程的優化調度。
四、實時優化調度
在南水北調東線工程未來運行中，僅編製年度運行調度計劃是不夠的，還應根據逐月、逐旬和逐日的來水和需水預測以及東線工程係統湖泊窪澱蓄水狀況（係統狀態），進行逐月、逐旬、逐日的全線調度決策，即實時優化調度，為此需要把全線來水預報模型、農業需水預測模型、實時優化調度數學模型進行組合，形成東線工程實時優化調度係統。
五、南水北調東線工程決策支持係統
在南水北調東線工程實際運行調度中，由於沿線地區間和工業、農業、航運等部門間的供水矛盾突出且不斷變化，調度結果行政敏感性強，僅給出數學上的最優解尚難以處理這些矛盾和保證調度決策的實施。在南水北調東線工程決策支持係統中，決策者直接參與到調度決策過程並成為調度決策的主體，且建立相應的調度決策支持係統。該係統為決策者提供了有效、迅捷的決策支持，包括智能信息支持、足夠的方案選擇空間和性能良好的人機交互係統，幫助決策者在複雜多變的環境下選出合理可行的最佳調度方案。
六、管理體製與管理辦法
南水北調東線工程投入運行後，它的管理包括多方麵的內容，需要對管理體製和管理辦法進行探討。基本思路是：把南水北調東線工程作為一項基礎產業，研究合理可行的管理體製和相應的管理辦法，使其能夠保證工程的正常運行和規劃目標的充分實現，並在此前提下，促進南水北調東線工程在未來運行中逐步實現投入與產出的良性循環，使工程在中央政府的適當支持下，逐步具備自我維持和自我發展的能力。實現這一管理目標是艱難和需要相當長時期的，但可以分階段達到。在工程運行的初期階段，管理體製的任務是建立一種既有行政權威又能發揮經濟杠杆和法規製約作用的機製，使其能協調東線工程供水範圍內各地區和部門在投入和受益方麵的矛盾，保證第一期工程供水目標的實現。