是年，為雲南大學設計學生宿舍。
1939年35歲
年初，因日機轟炸，林徽因一家搬至郊區龍泉鎮麥地村。梁思成患脊椎軟骨硬化症。在林徽因的照料下，病情逐漸好轉。
2月5日，發表散文《彼此》。
6月28日，發表詩《除夕看花》。
冬，梁思成、劉敦楨等去雲南、四川、陝西、西康等地作古建築考察。
1940年36歲
初冬，營造學社隨史語所入川，林徽因一家亦遷四川南溪縣李莊鎮上壩村。
不久，林徽因肺病複發，從此抱病臥床四年。
1941年37歲在李莊鎮。
春，三弟恒在對日作戰中身亡。
1942年38歲在李莊鎮。
春，作詩《一天》。梁思成接受國立編譯館委托，編寫《中國建築史》，林徽因為寫作《中國建築史》，抱病閱讀《二十四史》，作資料準備。她寫了該書的第七章，五代、宋、遼、金部分，並承擔了全部書稿的校閱和補充工作。
11月4日，費正清、陶孟和從重慶溯江而上，去李莊看望林徽因、梁思成。
1944年40歲在李莊鎮。
作詩《十一月的小村》、《憂鬱》、《哭三弟恒》。費慰梅到李莊訪問林徽因。
1945年41歲在李莊鎮。
8月，日本侵略者宣布無條件投降。梁思成陪林徽因到重慶檢查身體，大夫告訴思成，徽因將不久於人世。
1946年42歲
2月，林徽因在費慰梅陪同下乘機去昆明拜會西南聯大校長梅貽琦，建議清華大學增設建築係，住唐繼堯後山祖居一座花園別墅，與張莫若、錢端升、金嶽霖等舊友重聚。8月，同西南聯大教工由重慶乘機返回北平。為清華大學設計勝因院教師住宅。
10月，梁思成應聘赴美耶魯大學做訪問教授。
11月24日，發表散文《一片陽光》。作詩《對殘枝》、《對北門街園子》。
1947年43歲
春，林徽因帶頭並組織工藝美術設計組，接收外校的設計任務，以解決學生經濟負擔問題。
夏，飽經歐戰浸染的蕭乾，由上海來清華園探望林徽因，二人長談七年來各自的經曆。作詩《給秋天》、《人生》、《展緩》、《病中雜詩·小詩（一）、小詩（二）、寫給我的大姊、惡劣的心緒》。
12月，做腎切除手術。
1948年44歲
2月18日，作詩《我們的雄雞》。
2月至5月，發表詩《空虛的薄暮》、《昆明即景》、《年青的歌》、《病中雜詩九首》、《哭三弟恒》。
11月，國民黨當局迫使北平高校南遷。清華園展開反遷校鬥爭，林徽因說：“我們不做中國的‘白俄’。”大軍攻城前夕，張奚若帶兩名解放軍到林徽因家，請梁、林劃出保護古建築目標，為此深感新政權對他們的信任。
1949年45歲
北平解放，林徽因被聘為清華大學建築係一級教授。擔任《中國建築史》課程並為研究生開設《住宅概論》等專題課。
2月，應解放軍之請，林徽因與梁思成等編印《全國重要文物建築簡目》。
春，送女兒再冰參加南下工作團。
9月，政協籌委會決定把國徽設計任務交給清華大學和中央美院。清華大學由林徽因、李宗津、莫宗江、朱暢中等七人參加設計工作。
1950年46歲
6月，經過三個多月的努力，清華大學和中央美院設計的國徽圖案完成並在中南海懷仁堂評選，經周總理廣泛征求意見，清華小組設計圖案以布局嚴謹、構圖莊重而中選。
6月23日，林徽因被特邀參加全國政協一屆二次會議。
9月20日，中央人民政府主席毛澤東發布國徽圖案命令。
是年，林徽因被任命為北京市都市計劃委員會委員兼工程師，提出修建“城牆公園”設想。是年，妹燕玉故。
1951年47歲
是年，梁思成、劉開渠主持設計人民英雄紀念碑，林徽因被任命為人民英雄紀念碑建築委員會委員，抱病參加設計工作，與助手關肇鄴一起，經過認真推敲，反複研究，終於完成了須彌座的圖案設計。
是年，她與梁思成為《城市計劃大綱》作序。
是年，在她的指導下，王其明、茹竟華完成了《圓明園附近清代營房的調查分析》。
1952年48歲
5月，為迎接即將到來的建設高潮，林徽因、梁思成翻譯了《蘇聯衛國戰爭被毀地區之重建》一書，並由上海龍門書局印行，為國家建設提供了借鑒。應《新觀察》雜誌之約，撰寫了《中山堂》、《北海公園》、《天壇》、《頤和園》、《雍和宮》、《故宮》等一組介紹我國古建築的文章。
是年，為挽救瀕於停業的景泰藍傳統工藝，抱病與高莊、莫宗江、常莎娜、錢美華、孫君蓮深入工廠做調查研究，並設計了一批具有民族風格的新穎圖案，為“亞洲及太平洋區域和平會議”、“蘇聯文化代表團”獻上一批禮品，深受與會人員歡迎。
是年，參加中南海懷仁堂內部裝修工作。
是年，與梁思成完成任弼時墓設計。
1953年49歲
10月，成立中國建築學會，林徽因當選為建築學會理事、中國建築委員會委員；並任《建築學報》編委。被邀參加第二屆全國文代會，美術家協會的報告上，林徽因和清華小組挽救景泰藍的成果，獲得了充分肯定和高度評價。
1954年50歲
是年，與梁思成、莫宗江合寫《中國建築反發展的曆史階段》。
6月，林徽因當選為北京市人民代表大會代表。這一年，她的身體極為虛弱，經常臥床。她所擔任的《中國建築史》課程，幾乎一大半是躺在床上講授的。
秋，林徽因不抵郊外風寒，由清華園搬到城裏去住。不久，因病情惡化住同仁醫院。
1955年51歲
4月1日6時，病逝於北京同仁醫院。
4月2日，《北京日報》發表訃告，治喪委員會由張奚若、周培源、錢端升、錢偉長、金嶽霖等13人組成。
4月3日，在金魚胡同賢良寺舉行追悼會，遺體安放在八寶山革命公墓。墓碑上刻著“建築師林徽因墓”。