負責管理洛克菲勒慈善事業的蓋茨也在一封信中誇張地說：“先生，您的財產正在像雪球一樣越滾越大，您必須跟上它的膨脹速度！您捐錢的速度必須超過它增長的速度！否則，您和您的子孫後代都會被它壓垮的。”
蓋茨大膽地預言，如果洛克菲勒將巨額財富捏在自己手裏的話，將會帶來“災難性”的後果，他的繼承人將會揮霍掉這筆錢，變得飛揚跋扈，不可一世。所以，他提議洛克菲勒應盡快行動，建立永久性企業化的慈善機構，將錢投入到教育、科學、藝術、農業和宗教方麵。
1906年，洛克菲勒開始著手成立一個龐大的基金會，他接受了兒子的建議，打算創立三個信托基金，一個支援在國外推進基督教文明；一個在國內做這樣的工作；另外一個則專門負責為芝加哥大學、普及教育委員會及洛克菲勒醫學研究所提供資金。
1903年，洛克菲勒基金會得到經營執照，這意味著洛克菲勒的一大筆財產將免交遺產稅。在這個基金會成立的頭10年裏，他們工作的重點一直在公共衛生和醫療教育方麵。
與其他將主要精力放在美國國內的基金會不同，洛克菲勒有意像他建立跨國公司那樣，將基金會發展成為世界性的。
基金會成立了專門的國際委員會，在全世界範圍內展開對瘧疾、結核病、傷寒、猩紅熱等疑難傳染病的防治，並取得了很大的成功。
研究所於1937年研製成功“黃熱病”疫苗，並將這種疫苗發往世界各地，挽救了無數人的生命，但這家研究所中卻有6名科學家感染了病毒，為人類的健康事業殉職。
傳染病的一次次肆虐，使基金會的管理者意識到，要想阻止疾病流行，不僅需要科學家的努力，也需要訓練有素的政府人員建立起一套行之有效的公共衛生係統。
為了這一目的，洛克菲勒基金會向約翰·霍普金斯大學捐款600萬美元，用以建立一所衛生與公共保健學院，培養衛生工科、流行病及生物統計方麵的專業人才。
後來，基金會又向哈佛大學捐款6000萬美元，以籌建公共衛生學院。美國的醫院衛生事業能處於全世界的領先地位，與洛克菲勒基金會的慷慨解囊是密不可分的。
為了讓公共衛生事業得以在全球展開，基金會花了2500萬美元，在印度、丹麥等許多國家籌建醫學院，以提高當地的疾病防治水準。1915年，洛克菲勒基金會還成立了中國醫學委員會，並於6年後創建北京協和醫科大學，為中國培養了大批掌握現代醫學知識的人才。據統計，中國從洛克菲勒基金會的受惠僅次於美國。
洛克菲勒一生捐贈了5.3億美元，其中有4.5億美元投向了醫學事業。他用自己的慷慨與創見為慈善事業帶來了革命。
在他之前，那些富人往往隻是將錢遺贈給某個個人喜好的團體，或是免費修幾幢建築，並以自己的名字命名，以彰顯其所謂的高尚行為。而洛克菲勒則用自己的巨額財富造福於全人類，建立起了龐大的慈善托拉斯。他的善良與高尚，早就超越個人的色彩，堪稱所有富人們的典範。
1937年5月23日，洛克菲勒在睡夢中走完了他輝煌的一生。他一生的財富，除了2000多萬美元作為遺產留給了子女外，其他的均通過各種方式回報給了社會。“他是明智地運用自己財富的第一人，世界因他而更加美好，他的名字將為世人所永遠銘記！”—這是一位他曾經的死敵、因托拉斯問題與他糾纏鬥爭了許多年的一位檢察官的感慨。