一開始，安德魯斯對這筆交易欣喜若狂，他認為自己得到的錢高於股票的實際價值。然而，洛克菲勒隨即就把這批股票賣給了威廉·範德比爾特，一轉手就賺了30萬元。安德魯斯後來大罵洛克菲勒手段卑劣，洛克菲勒便派人告訴他，他可以按原價買回他的股票。懊惱的安德魯斯一口回絕了這個公平的建議，決定留下賣股票的錢。有人估算，假如安德魯斯當時留著這些股票，到20世紀30年代初，那些股票大約價值9億美元。安德魯斯因自尊心受到傷害，一賭氣做出了這個魯莽的決定，沒能成為美國最富有的人之一。
洛克菲勒與克拉克的分道揚鑣，也同樣籠罩著一層“溫情”的麵紗。從19歲起與克拉克合夥成立公司以來，洛克菲勒與克拉克的關係可以說一直都不是很融洽。不過，依洛克菲勒的個性，他不會在自己羽翼未豐時便與比自己強的人作對。多年來，為了公司的業務，他兢兢業業，對趾高氣揚的合夥人多方閃躲。
起初，克拉克並沒有把這個比自己小10歲的合夥人放在眼裏，不過，隨著洛克菲勒在公司裏的地位越來越重要，他不得不在許多方麵逐漸依賴起洛克菲勒來。兩人的這種微妙關係終於在取得了某種平衡之後，才使得公司沒有因為內訌而早早夭折，還取得了很好的發展。
但是，問題仍然擺在洛克菲勒的麵前。洛克菲勒意識到克拉克已經成為自己取得更大發展的絆腳石，如果他想擁有更大的嶄露頭角的空間，就必須擺脫克拉克對自己的束縛。因為克拉克個性直率、隨便，僅就這一點，他就與洛克菲勒格格不入。洛克菲勒對自己的這位合夥人的品行極為看不順眼，而且對他不敬神靈的態度也大感惱怒。不過，他還是承認，克拉克是一個能幹的生意人。
而克拉克對洛克菲勒刻板的個性也不以為然，從一開始，他就把洛克菲勒擺在一個小職員的位置，讓他管賬、管錢。不過，他後來終於明白，自己的合夥人擁有遠比其年齡更為成熟的商業頭腦，這才不敢小覷洛克菲勒。
洛克菲勒在後來談到與克拉克的這段合作經曆時，曾憤憤不平地說：
“他幾乎從我倆開始合作時就想一個人做主，從不把我放在眼裏。當我們討論買賣上的事情時，他問過我好幾次這樣的問題：‘要是沒有我，你還能做些什麼？’這讓我感到非常惱火。”
洛克菲勒以他一貫的老謀深算忍受了克拉克對自己的不敬，他認為自己總有一天會好好地報複他，給他致命的一擊。
後來，由於公司投資煉油廠，克拉克將自己的弟弟也拉進公司裏來。對這兄弟倆的所作所為，洛克菲勒感到十分討厭。克拉克兄弟雖然在做生意方麵很有一套，但他們常常想憑借一時的蒙騙來占便宜，對這種極為短視的行為，洛克菲勒非常不滿。他認定，由於這兄弟倆不檢點的行為，公司遲早會在客戶與銀行中喪失信用，而這是無論如何也不能容忍的。
由於正處戰爭時期，當時影響油價的因素非常多，供求關係隨時都可能發生變化，所以人們根本就無法確定油價到底應該處在哪個價位上才算合理。所以，石油業的巨大利潤往往是與其巨大的風險性相伴的。不過，劇烈的價格波動並沒讓洛克菲勒感到氣餒，他認定石油業的光明前途是絕不會因為一時的混亂局麵而改變。因此，洛克菲勒與安德魯斯主張不惜代價地擴大業務，而克拉克兄弟則認為不宜在石油上麵投入太多。有一次，洛克菲勒在沒有得到克拉克兄弟同意的情況下，向銀行舉債10萬美元以擴大煉油廠的業務。克拉克知道後非常生氣，他覺得洛克菲勒的這種冒險做法最終會把自己拖進非常危險的境地。
而洛克菲勒也認為，克拉克兄弟是目光短淺，他們平時花錢不知節省，可是一旦做一點兒需要冒險的事情時，卻把錢財看得過重；所有的一切都讓洛克菲勒感到不快。他認為，如果自己想在事業上取得更大的成功，就必須與一群誠實、值得信賴、與自己想法接近的人合作，而克拉克兄弟並不符合上述條件。
1865年，洛克菲勒覺得有必要向克拉克兄弟攤牌了，隻有排除了意見相左的人所帶來的不利因素，他才有可能在自己認定的事業上沒有牽絆地發揮。
2月1日，洛克菲勒將幾個合夥人請到家裏，向他們介紹了自己準備大力發展煉油廠的計劃，而這恰恰是克拉克兄弟極為反感的事。
顯然，克拉克的反應正如洛克菲勒所料想的那樣強烈，他十分無禮地說：“我們最好分開，各做各的。”這當然也是洛克菲勒的意思。
第二天，洛克菲勒就在報紙上登出了公司的公告，而且令克拉克兄弟始料未及的是，洛克菲勒已經把安德魯斯爭取過去了。他們最後商定，幾個合夥人誰出價最高，誰最終將得到煉油廠。
洛克菲勒對最終得到煉油廠的所有權抱著勢在必得的決心，他臨危不亂，十分鎮定。那次拍賣是由克拉克兄弟請來的律師主持，煉油廠的底價為500美元，不過很快雙方的報價就達到5萬美元。這已經是一個相當高的數位了，遠遠超出了煉油廠實際的價值。後來，洛克菲勒在自己的回憶錄中詳細地記錄了當時的情景：
“最後價格開到了6萬美元，又一步步開到了7萬美元。我開始擔心自己能否真的買下這個企業，能否籌到那麼多錢。最後，當對方報價達到了7.2萬美元時，我毫不氣餒地報出了7.25萬美元。這時，克拉克先生說：‘我放棄了，約翰，煉油廠歸你了。’我提議立即開支票給他，不過克拉克先生說：‘不用了，我很樂意將煉油廠托付給你，在你方便時我們再結賬也不遲。’”
在那次拍賣會上，洛克菲勒雖然如願以償地獲得了煉油廠，但最終為此付出了巨大的代價。他用自己在代理公司的一半股份及7.25萬美元，換來了對煉油廠的完全控製權。
對洛克菲勒一生的事業而言，這是一個重要的轉折點。他在26歲時，擁有了克利夫蘭最大的煉油廠。同時，他將長期以來與自己處處為難的對手，毫不留情地從自己的生活中抹掉了。
有人說洛克菲勒的所作所為是過河拆橋，實際上並非如此。從洛克菲勒與安德魯斯和克拉克兩個散夥的案例來看，他的做法非常的公平，他在恰當的時機、用恰當的方法，為自己的商業生涯塗抹了濃重的一筆。