上古時，在顓頊帝統治時期，顓頊帝任命南正重負責天文，火正黎負責地理。唐堯、虞舜時期，繼續重用重氏、黎氏的後裔，讓他們負責天文、地理，一直延續至夏代、商代，因此重氏、黎氏的後裔均為掌管天文、地理的官員。到了周代，程國的伯爵休甫是他們的後裔。周宣王（公元前827-前782年）時，他們失去了原來的職務，擔負的工作轉移至司馬氏手中。此後司馬氏家族世代掌管著周王室的史冊典籍。在周惠王和周襄王時（公元前676-前619年），司馬氏來到晉國，再後來，晉國的中軍將領隨會逃亡至魏國，司馬氏也跟隨著隨會來到少梁。
自從司馬氏離開周王室的都城來到晉國，家族中的人即分散開來，有的人在衛國，有的人在趙國，有的人在秦國。在衛國的，後來做了中山國的丞相。在趙國的，以傳授劍術而聞名，蒯聵即是其後人。在秦國的有司馬錯，司馬錯曾經與張儀辯論，認為秦國應該首先征伐蜀國，秦惠王（公元前676-前652年）采納了司馬錯的建議，而後司馬錯率領秦軍征伐蜀國，蜀國平定後，秦廷將蜀國故地改設為蜀郡，司馬錯擔任蜀郡首任太守。司馬錯的孫子是司馬蘄，在秦將武安君白起手下任職。少梁後來更名為夏陽。司馬蘄與武安君在長平坑殺趙軍四十萬，率領秦軍返回後，與白起一起在杜郵被秦王賜死，葬在華池。司馬蘄的孫子司馬昌，是秦王的鐵官。秦始皇統一天下後，蒯聵的玄孫司馬卬，在秦末投奔農民義軍領袖武信君武臣，司馬卬率領義軍攻占朝歌。秦朝滅亡後，在秦的首都鹹陽，義軍在分封諸侯王時，項羽封司馬卬為殷王。漢軍討伐楚軍，司馬卬投降漢軍，司馬卬的殷國故地改設為漢的河內郡。司馬昌生司馬毋懌，司馬毋懌擔任過長安四市的一位市長。司馬毋懌生司馬喜，司馬喜受封為五大夫爵，去世之後，司馬喜葬在高門。司馬喜生司馬談，司馬談在武帝朝擔任太史令。
太史令司馬談向唐都學習天文學，向楊何學習《易經》，向黃子學習道家學說。武帝建元、元封年間（公元前140-前105年），司馬談在朝廷擔任太史令，司馬談歎息，學者對先秦諸子百家的學說，領會中有歧義，以訛傳訛，在談論陰陽、儒、墨、名、法、道六家學說時，司馬談有自己的看法：
《易經·係辭》中說：“天下學說紛紜，目的終歸統一，殊途而同歸。”陰陽、儒、墨、名、法、道諸家，它們談論的要旨，最終歸納起來，仍然是如何治理國家，隻是從不同的側麵來論述，有些講的明白，有些講的含蓄。我（司馬談）仔細研究了陰陽家學說，陰陽家極力誇大祥瑞、災異，有很多忌諱，使人做事情拘謹，常有敬畏之感，但在四季運行的闡釋上，有其獨到之處，不可忽視。儒家學說，論述麵廣泛，但缺乏要點，費力大而收效少，儒學倡導的義理難以施行，但儒家學說強調君臣父子之禮，夫婦長幼之序，這些是不變的道理。墨家倡導節儉，人很難做到，墨家所提倡的，不能照搬照用，但墨家強調務實，提倡節儉，不能忽視。法家嚴酷，缺少恩德，但是法家提倡君臣上下有別，這是不變的原則。名家過於拘泥於形式，失去對事物的全麵認識，但名家強調名與實之間的關係，這一點值得重視。道家令人精神專一，動靜符合自然規律，充分利用物資條件，這是道家學說的特點。道家強調陰陽，博采儒家、墨家學說的長處，吸取名家、法家的優點，與時俱變，隨著事物的變化而變化，立足於世俗，開展活動包羅萬象，要點簡約，易於操作，費力少而收效多。儒家的作法則不然，認為君主是天下人的表率，君唱臣和，主先臣後。如此一來，君主勞頓而臣下安逸。道的精神，是去除剛毅，製止貪欲，舍棄聰明，以這些來實施道術。儒家學說，則過度耗費精力，會使得身體勞累，過於疲憊不堪；身體過度勞累、精神倦怠，而想長生，與天地長壽，沒有聽說過。
陰陽學說，在談到四季更替、八卦方位、十二度星位、二十四節氣時，強調各有其法則，順之者昌，逆之者亡，其實也未必，因此說陰陽家學說“使人拘謹，令人生畏”。春生夏長，秋收冬藏，重視天道運行的規律，應該加以肯定，不遵循天道運行的規律，還有什麼法則可以遵循，因此說：“四季的變化不能改變，這是自然法則。”
儒家學說，以《詩經》、《尚書》、《易經》、《禮經》、《樂經》、《春秋》六藝為標準，六藝的學說典籍成千上萬，幾代人也難以全部看得懂，一個人窮其畢生精力，難以通曉禮儀的精髓，因此說“儒家學說駁雜，缺少要領，費力大而收效少”。但是儒家學說強調君臣父子之禮，夫婦長幼之序，這是其它各家學說無法否定的。
墨家也崇尚堯舜，稱頌堯舜的聖德，墨家說：“堂高三尺，土階三層，茅屋不翦，椽檁不斫；土碗吃飯，瓦盆飲水，糙米充饑，藜藿為羹；夏穿葛衣，冬披鹿裘。”人死送葬，桐木為棺，厚僅三寸，舉樂致哀，悲傷有度。率先垂範，教導人民，舉行殯葬儀式，堯、舜可謂是萬民表率。天下均按照這樣去做，即沒有了尊卑區分。隨著時間的推移，事情也會有所變化，因此說“勤儉難以持久”。但墨家強調務實，節省用度，也闡明了勤儉持家，節省開支，才能富家的道理。這是墨家的長處，其它諸家學說無法否定這一點。
法家六親不認，無論貴賤，一切以法的標準來衡量，使得親人之間、尊卑之間的恩義蕩然無存，可以在非常時期使用，但不能長久應用，因此說法家“嚴而少恩”。如果強調要尊主卑臣，分清職責，不能僭越權位，那麼其它諸家學說，也無法否認法家的合理成分。
名家過於煩瑣，對於細節強調過分，結果讓人難以抓住名家的要旨，隻是專注於名詞的概念解釋，失去對事物本質的理解，所以說名家“讓人受到約束，失去對事物的認識”。對於事物要求名實相符，對比細節要求嚴謹細致，認真考證，這一點是名家的長處。
道家提倡無為，但又說無不為，提出的主張容易實施，表述的含義卻難以領會。其核心思想是以虛無為根本，還強調順應自然。沒有不變的勢，也沒有一成不變的形，用來解釋世間萬物的變化。不在乎事物的先後，因此能夠把握住事物變化的主動。所謂法則，要看具體時間，具體情況；所謂尺度標準，要根據事物的變化與發展。因此說“聖人不投機取巧，重要的是要順應時事變化。”以虛守道是道家的常理，以因果關係，發展辨正來看待問題，是道家的原則。群臣一起上朝，讓他們各自闡述思想。名實相符的為正，名實不符的為空。不聽空話，就不會產生奸邪，賢與不肖自然能分辯出來，黑與白，一清二楚。君主對待問題，能夠做到這些，還有什麼事情辦不成！既合乎大道，又解釋混沌。天下光明，返樸歸真。人活著要靠著一股精神，形體僅僅是存在的形式。精神耗盡則會枯竭，形體過度勞累即會疲憊，形神分離就是死亡。死者不可以複生，分離將難以複合，聖人對於這一點很重視。由此看來，精神是生命的根本，形體隻是外在形式。不先確定形、神之間的關係，而說“我可以治理天下”，根據在那裏？
太史公的工作隻是負責天文，不治理百姓。太史公有一位兒子，名字叫做司馬遷。
司馬遷在龍門（今陝西韓城市）出生，曾經在黃河以西、龍門山以南讀書耕田。從十幾歲起，即開始誦讀古文。二十幾歲時，開始南遊長江、淮河流域，登臨會稽山，探訪大禹穴，遍遊九疑山，在沅江、湘水間遊覽。司馬遷向北抵達汶河、泗水地區，在齊魯大地上受業、遊學，詳細考察了解孔子儒學的遺風，在鄒縣、嶧山學習射禮；司馬遷曾經在蕃縣、薛縣、彭城受困，而後從梁國、楚國返回。在朝中擔任侍郎，奉皇帝詔命，司馬遷向西出使巴郡，向南出使蜀郡，考察邛地、筰地、昆明，返回後向武帝複命。
武帝元封元年（公元前110年），天子開始舉行漢家的封禪典禮，太史公司馬談因為有病滯留在周南，沒有跟隨皇帝前去封禪，心中非常難過。兒子司馬遷恰好返回，到了黃河、洛河間，到父親養病的地方來看望父親。太史令司馬談緊握著兒子的手，泣不成聲地說：“我們祖先，是周王室的太史令。再往上曾經在虞舜帝、夏代名聲顯赫，負責天文工作。到了後世才逐漸衰落，難道要在我的手中，讓家族事業最終結束嗎？你要重新擔任太史令，要繼承先祖的事業！現在天子繼承千年前周成王的壯舉，封禪泰山，而我卻沒有跟著一起去，這是我的命嗎？是我的命啊！我死之後，你一定會再做太史令；做了太史令後，不要忘記完成我的著作。要謹記孝順，在家中侍奉雙親，在朝廷忠於國君，人生隻有以忠孝立身，才能夠揚名於後世，為父母親爭光，這是最大的孝。天下人稱頌周公，說周公製作詩歌，歌頌文王、武王的聖德，人們宣揚周公、召公的德政，頌揚太王、王季的深謀遠慮，一直追述至周代的先祖公劉，周王室是後稷的後裔。周幽王、周厲王之後，王道缺失，禮樂衰微，孔子編撰、整理周代的文獻典籍，修訂《詩經》、《尚書》，編撰《春秋》，學者至今將這些文獻、思想作為行為準則。從魯哀公獲取麒麟起，至今已經有四百餘年，自從那以後諸侯兼並，對於曆史的記述已經變得殘缺不全。現在漢朝複興，海內一統，明君賢臣，有無數的忠臣義士，我作為太史令，卻沒有能夠將這些完整地記述下來，給予評價，作為重要文獻，留存於後世，我心中感覺慚愧啊！你一定要把我的話牢牢記在心裏！”司馬遷跪在父親麵前，流著眼淚說：“兒子雖然不聰明，但一定會牢記住父親的教誨，收集整理曆史資料，加以編輯，把父親的計劃全部完成，不敢懈怠。”司馬談去世後第三年，武帝元封三年（公元前108年），司馬遷繼任為太史令，詳細閱讀收藏在皇家書庫中的藏書。五年後，在太初元年（公元前104年），十一月甲子初一淩晨冬至，武帝詔命，開始使用太初曆，在明堂上正式頒布，祭拜諸神。
太史公司馬遷說：“先人有言：‘自周公去世後五百年後而有孔子，孔子距今已經有五百年，到了繼承孔子的事業，昭顯先賢思想的時候了，整理《易經》，續作《春秋》，根據《詩經》、《尚書》、《禮記》、《樂禮》的修訂原則，對曆史加以修撰。’準備好了嗎！準備好了嗎！晚輩司馬遷，我要當仁不讓！”
上大夫壺遂問：“當初孔子為什麼要撰寫《春秋》？”太史公司馬遷回答：“我聽董仲舒先生講：‘周的王道遭到毀棄，孔子擔任魯國司寇，諸侯國君害怕他，士大夫排擠他。孔子知道自己的主張，在當時已經很難實行，王道難以推行，於是將春秋二百四十二年間的曆史進行評論，編撰在《春秋》中，認為天下的讀書人，可以從中得到啟示，通過褒貶諸侯，申斥大夫，以達到宣揚王道的目的。’孔子說：‘我與其空洞地說教，去勸說這些人，還不如付諸以行動，將史實載於典籍，典籍發揮的作用將會更大。’《春秋》中闡述了夏禹、商湯、文王、武王的王道，記載了綱常倫理，還有應該遵循的法則，辨明疑問，甄別是非，確定原則，崇善抑惡，尊賢斥不肖，存亡國，繼絕世，抱殘守缺，振興頹廢，這些均為王道要做的事情。《易經》中記述的是天地、陰陽、四季、五行，在變化中通過辯證而求得發展；《禮記》中闡述的是綱紀人倫，注重於行；《尚書》中記述的是先王經曆的事情，著重於政；《詩經》中談論的是山川、溪穀、鳥獸、草木、牝牡、雌雄，著重於風俗人情；《樂禮》可以作為一門經學，注重於社會和諧；《春秋》著重辯明是非，對治理國家有借鑒作用。因此說，《禮記》強調人的欲望需要節製，《樂禮》強調社會生活需要和諧，《尚書》闡述先王治國理政的經驗，《詩經》中描述了人們情感的抒發，《易經》以事物的變化道理來引導人，《春秋》中闡述禮義的重要性。撥亂反正，沒有比《春秋》更能說服人的。《春秋》中記述的文字，有數萬之多，列舉出來的事例有幾千件。各種情況在《春秋》中交彙出現。在《春秋》的記述中，弑君的事件有三十六起，亡國的事件有五十二起，諸侯國君逃離封國，社稷得不到維護的事件，更是難以計數。考察這些事件發生的起因，均是因為摒棄禮義。因此《易經》中說‘差之毫厘，謬以千裏。’所以發生‘臣弑君，子弑父，不是一朝一夕形成的，是日積月累的結果。’作為國君，不能不讀《春秋》，否則會對讒言視而不見，身邊有賊臣，也茫然不知。作為人臣，不能不讀《春秋》，否則會對每天發生的事情，不知那些應該做，那些不應該做，遇到突發事件，也不知道該如何應對。作為君父，不能不了解《春秋》大義，否則會承擔惡人的罪名。作為人臣、兒子，也不能不了解《春秋》大義，否則會犯下篡弑，大逆不道的罪行。他們以為是在做善事，如果不了解禮義的重要性，也會遭受譴責，難以解釋清楚。不了解禮義的主旨，就會有君不君，臣不臣，父不父，子不子的事情發生。君不像君的樣子，自然會被臣下冒犯，臣不像臣的樣子，自然會犯下篡逆的罪行，父不像父的樣子，不能夠盡到做父親的責任，兒子沒有兒子的樣子，自然會忤逆不孝。這四種行為，均為天下最大的惡。說它們是天下最大的惡，一點也不過分。因此說《春秋》，是集禮義之大成。禮是防止罪惡的發生，法隻能在罪惡發生之後產生作用，法的作用容易被人認識，而禮的作用卻容易被人忽視。”
壺遂繼續問：“在孔子那個時代，上無明君，下麵的忠臣得不到重用，因此才會編撰《春秋》，用空泛的論述，來確定禮義的是非標準，當作統一的法則。現在你這位夫子，上有賢明的天子，下擔負著重要職務，萬事皆備，人盡其能，夫子要論述的，究竟是想要說明什麼？”太史公回答：“啊，是這樣，也並非盡然。我聽先人講：‘伏羲氏時代，人們性情淳樸，演繹《易經》八卦。堯、舜時代，人們處於盛世，《尚書》中記載，在當時開始設置禮樂。商湯、武王創立的功業，受到詩人們讚頌。《春秋》中褒貶善惡，推崇三代的德政，維護周王室的權威，這些並不完全是為了諷諫。’漢興已來，到今天的賢明天子，祥瑞多次顯現，封禪泰山，確定正朔，改變服色，受命於天，普施恩德，海外異域通過多重翻譯，前來朝廷進貢朝賀，獻禮祝壽，其事跡難以勝數。臣下百官，均在竭力地頌揚聖德，仍然感覺不能完全表達心意。賢士們有能力，得不到重用，是國家的恥辱；君王聖明，不能宣揚君王的聖德，是臣子的過失。我負責這項工作，不能將皇上的聖德載入史冊，對功臣、大夫們所創立下的功業，不能詳細地記載、評述，辜負了先人的囑托，這是我的罪過。我記述的這些事跡，全部是按照先後順序，還原曆史；是在整理史料，不是所謂的創作，君將它與《春秋》相比較，君理解錯了。”
於是太史公製定計劃，著手編撰文章。在他寫作的第十年遭遇李陵之禍，太史公被關押在獄中。在獄中，太史公喟然長歎，說：“我應該遭受這樣的大罪嗎！身體已經殘缺，還能夠寫下去嗎。”冷靜之後，經過思考，太史公說：“詩經》、《尚書》意深而言簡，是作者思想的陳述，是潛心思考的結果。”於是下定決心繼續發奮，將唐堯以來的事跡，直到武帝獲麟時為止，詳細記述，從黃帝開始。《五帝本紀》為第一篇，《夏本紀》為第二，《殷本紀》為第三，《周本紀》為第四，《秦本紀》為第五，《始皇本紀》為第六，《項羽本紀》為第七，《高祖本紀》為第八，《呂後本紀》為第九，《孝文本紀》為第十，《孝景本紀》為第十一，《今上本紀》為第十二，共十二本紀。《三代世表》為第一表，《十二諸侯年表》為第二表，《六國年表》為第三表，《秦楚之際月表》為第四表，《漢諸侯年表》為第五表，《高祖功臣年表》為第六表，《惠景間功臣年表》為第七表，《建元以來侯者年表》為第八表，《王子侯者年表》為第九表，《漢興以來將相名臣年表》為第十表，一共十表。《禮書》為第一書，《樂書》為第二，《律書》為第三，《曆書》為第四，《天官書》為第五，《封禪書》為第六，《河渠書》為第七，《平準書》為第八，一共八書。《吳太伯世家》為第一世家，《齊太公世家》為第二，《魯周公世家》第三，《燕召公世家》第四，《管蔡世家》第五，《陳杞世家》第六，《衛康叔世家》第七，《宋微子世家》第八，《晉世家》第九，《楚世家》第十，《越世家》第十一，《鄭世家》第十二，《趙世家》第十三，《魏世家》第十四，《韓世家》第十五，《田完世家》第十六，《孔子世家》第十七，《陳涉世家》第十八，《外戚世家》第十九，《楚元王世家》第二十，《荊燕王世家》第二十一，《齊悼惠王世家》第二十二，《蕭相國世家》第二十三，《曹相國世家》第二十四，《留侯世家》第二十五，《陳丞相世家》第二十六，《絳侯世家》第二十七，《梁孝王世家》第二十八，《五宗世家》第二十九，《三王世家》第三十，共有三十世家。《伯夷列傳》為第一列傳，《管晏列傳》為第二，《老子韓非列傳》為第三，《司馬穰苴列傳》第四，《孫子吳起列傳》第五，《伍子胥列傳》第六，《仲尼弟子列傳》第七，《商君列傳》第八，《蘇秦列傳》第九，《張儀列傳》第十，《樗裏甘茂列傳》第十一，《穰侯列傳》第十二，《白起王翦列傳》第十三，《孟子荀卿列傳》第十四，《平原虞卿列傳》第十五，《孟嚐君列傳》第十六，《魏公子列傳》第十七，《春申君列傳》第十八，《範睢蔡澤列傳》第十九，《樂毅列傳》第二十，《廉頗藺相如列傳》第二十一，《田單列傳》第二十二，《魯仲連列傳》第二十三，《屈原賈生列傳》第二十四，《呂不韋列傳》第二十五，《刺客列傳》第二十六，《李斯列傳》第二十七，《蒙恬列傳》第二十八，《張耳陳餘列傳》第二十九，《魏豹彭越列傳》第三十，《黥布列傳》第三十一，《淮陰侯韓信列傳》第三十二，《韓王信盧綰列傳》第三十三，《田儋列傳》第三十四，《樊酈滕灌列傳》第三十五，《張丞相倉列傳》第三十六，《酈生陸賈列傳》第三十七，《傅靳蒯成侯列傳》第三十八，《劉敬叔孫通列傳》第三十九，《季布欒布列傳》第四十，《爰盎朝錯列傳》第四十一，《張釋之馮唐列傳》第四十二，《萬石張叔列傳》第四十三，《田叔列傳》第四十四，《扁鵲倉公列傳》第四十五，《吳王濞列傳》第四十六，《魏其武安列傳》第四十七，《韓長孺列傳》第四十八，《李將軍列傳》第四十九，《衛將軍驃騎列傳》第五十，《平津侯主父列傳》第五十一，《匈奴列傳》第五十二，《南越列傳》第五十三，《閩越列傳》第五十四，《朝鮮列傳》第五十五，《西南夷列傳》第五十六，《司馬相如列傳》第五十七，《淮南衡山列傳》第五十八，《循吏列傳》第五十九，《汲鄭列傳》第六十，《儒林列傳》第六十一，《酷吏列傳》第六十二，《大宛列傳》第六十三，《遊俠列傳》第六十四，《佞幸列傳》第六十五，《滑稽列傳》第六十六，《日者列傳》第六十七，《龜策列傳》第六十八，《貨殖列傳》第六十九，共有六十九列傳。
漢代繼承了五帝的偉業，接續三代中斷的事業。周的王道已經衰微，秦朝拋棄古文典籍，焚燒《詩經》、《尚書》，因此漢朝建國後，在明堂石室中，在皇家書庫中，將這些散失的古文典籍，重新收藏保存起來，金櫃裏保存的玉版典籍，有很多已經缺失散亂。漢朝建國初期，蕭何修訂法律條令，韓信編修軍法，張蒼製定天文律曆，叔孫通製定漢的禮儀製度，文學事業逐漸恢複，《詩經》、《尚書》等古代典籍在民間也相繼出現。自從曹參推薦蓋公，重視黃老學說，賈誼、晁錯提倡申不害、韓非的法家學說，公孫弘以儒家學說在朝中受到重用，一百多年時間內，天下散落的古籍、遺文佚事逐漸彙總至皇家的秘府中來。太史公父子二代人擔任編撰史籍的職務，太史公為此而感歎道：“嗚呼！我的先人曾經擔任過這一職務，在唐堯帝、虞舜帝時代，即已經聲名煊赫。到了周代，又繼續負責這項工作。因此說，司馬氏家族在朝中，世代負責天文、曆史工作。到了我這一代，感念先祖的功業，仍然不敢忘懷！”太史公整理天下散逸的史料、軼聞，帝王崛起的原因、地點，追本溯源，見微知著，考查朝代興衰的起因，根據史料，提出個人觀點。推及三代，祥錄秦漢，從軒轅黃帝開始，直到當今皇帝（武帝），排出順序，太史公著作十二本紀。不同時代或同一時代的紛繁曆史事件，有些年代交叉，有些已經難以分辨，有些事跡變得模糊不清，根據手中資料，太史公著作十表。禮樂變化，隨著世代在增減，律曆也會有所變化，法律演變，山川形勢，神鬼天人間的關係，經濟發展，將這些誌書彙總起來，太史公著作《律書》、《河渠書》、《封禪書》、《天官書》、《平準書》等八書。二十八宿環繞著北極星，三十根輻條集中於車軸轂，才能夠運行，輔弼大臣環繞在帝王周圍，以忠信禮義輔佐帝王，太史公著作三十世家。維護正義，扶正祛邪，倜儻瀟灑的士人，要讓他們不會因為時間流逝，而湮沒在曆史中，要讓他們的功名事跡顯現於後世，太史公著作七十人物列傳。全書總計一百三十篇，五十二萬六千五百字，太史公將此書取名稱為《太史公書》，這是編撰此書的大略。太史公認為，這部書籍可以拾遺補缺，作為一家之言，輔助《六經》，作為另一經傳。總攬百家觀點，正書藏於名山，副書留在京師，等待後世聖賢君子的閱覽。第七十篇列傳，是太史公司馬遷的自傳。全書有十篇內容缺失，僅保存下目錄，而缺少正文。
司馬遷受了腐刑後，又繼續擔任內朝的中書令，仍然受到武帝的信任和重用。司馬遷的朋友，原益州刺史任安給司馬遷寫了一封書信，以古代賢臣為標準對照司馬遷，有責備的意思。司馬遷為此回了一封書信，即《報任安書》，內容如下：
少卿足下：此前承蒙寫書信予我，教我要謹慎待人接物，向朝廷舉薦賢良，辭語間可見殷勤、誠懇，似乎是在責備我，沒有聽從您的勸告，甘願流於世俗。在下不敢如此，我雖然身體殘缺，也曾經在長者麵前聆聽過教誨。隻是自慚形穢，動輒得咎，欲補過常擔心受辱，內心抑鬱而又無從傾訴。俗話常講：“為誰奔忙？講了誰聽？”鍾子期仙逝，伯牙終身不複彈琴。為什麼？士為知己者用，女為悅己者容。我已經身體殘缺，即使身懷絕技，如同隨侯珠、何氏壁那樣珍貴，品行如同許由、伯夷那樣高尚，也難以再獲得榮譽，須臾間隻會為世人再增添笑料而已。
書信遲複為歉，我跟隨皇上，剛從東邊返回，又因為俗事拖累，相見恨晚，時光倏忽，恨不能再抽出半點餘暇，聆聽足下教誨。現在少卿犯下不測重罪，旬月間，又將要臨近冬季，我還要跟隨皇上到雍縣祭祀，恐怕足下的受刑日子也將會臨近。到那時，我即使有滿腹衷曲，又將向誰訴說，逝者的靈魂也將會怨恨於地下。為此我願意略陳憤懣，不嫌鄙陋。曠延時日，時至今日才得以回信，幸勿罪過。
卑職聽說，修身的人，擁有智慧，施愛的人，懷有仁義，敢於取舍的人，守義不移，勇對恥辱的人，無所畏懼，留名於後世的人，品行高尚。有此五種品德，立於世間，不會敗亡，其英名應該與君子同列。人們常說：禍害沒有比得上貪圖利益，悲哀沒有比得上尊嚴受辱，醜惡的行為，沒有比得上辱沒先人，遭受恥辱，沒有比得上受到宮刑。受過宮刑的人，人數難以統計，這也不是一朝一代的事情，由來已久。在春秋時，衛靈公與閹人雍渠乘坐同一輛車，孔子頓時感到恥辱，離開衛國，前往陳國；商鞅由宦者景監引見，賢士趙良馬上警覺起來；宦者趙同與文帝乘坐同一輛輦車，爰盎即刻提出異議；自古以來，世人鄙視閹人。即使普通人，隻要與閹豎聯係起來，也會感到沮喪，為人所不齒，更何況慷慨豪邁之士！而今朝中即便缺乏士人，又怎麼可能讓刀鋸之下的廢人，去舉薦天下豪傑、賢士！我由於先人的職業關係，在朝中任職，服侍皇上，已經有二十餘年。經常自我反省：對上，不能夠竭盡忠信，享有獻出奇計妙策的美譽，得到明主賞識；其次，也不能拾遺補缺，推賢薦能，為朝廷舉薦賢良之士；在外，不能夠躋身軍旅，攻城野戰，建立斬將搴旗的功勳；等而下之，也不能不辭勞苦，獲取高官厚祿，在親友宗族麵前誇耀榮譽。此四樣才能，我無一具備，現在隻是每天苟延殘生，搏取皇帝優容而已，沒有什麼長處可以顯現於當世。記得在此前，我也曾經側身於士大夫之列，在朝堂上高談闊論，不時地引經據典，長篇宏議。現在已經是身殘形穢，在朝中如同掃除仆役，混跡在卑賤人中間，那裏還敢昂首挺胸，談論是非，如果再要這樣去做，豈不是在蔑視朝廷，羞辱當代俊傑嗎！算了！算了吧！像我這樣的人，有什麼可講的！又能講些什麼！
事情的始末，已經難以講得清楚。我從小自負，自以為身懷不羈之才，長大成人，卻沒有在鄉鄰間留下美譽，皇上幸以先人的原因，在朝中為我提供一個施展薄才的機會，出入宮廷。我原以為公私不能兼顧，頂盆豈可以再望天空，因此斷絕與賓朋的交往，忘卻室家的拖累，殫精竭慮，奉獻自己的不肖才能，一心撲在工作上，以求得皇上滿意。事情偏有不如人意的地方。我與李陵同在宮中任職，平素交往並不太多，誌趣也不盡相同，甚至從未在一起喝過酒，吃過飯。可是我從側麵了解到，此人是一位當代奇士，在家中孝敬父母，在外與人交往守信，麵對錢財保持廉潔，取舍之間，以義為先，待人謙讓，禮賢下士，常想著能夠奮不顧身，為國分憂，報效朝廷，這是李陵的一貫品行。據此，我認為李陵有國士之風，人臣為國家赴死，不顧自身，急國家所難，堪為英雄。李陵出征征伐匈奴，因為舉措失當而遭遇失敗，那些在朝中隻知道保全妻兒，愛惜性命，畏首畏尾的大臣，此時卻群起攻訐（jié），構陷誇大李陵的罪行，我為此而深感痛心。當初李陵出征時，僅率領不滿五千士卒，卻能夠深入進匈奴腹地，足跡抵達匈奴王庭所在，在虎口中肆虐，視強虜於無物，挑戰匈奴虎狼之師，與單於大軍鏖戰十餘日，斬殺的敵寇，已經遠超過自身的損失。一時間強虜死傷枕藉，匈奴酋長驚恐萬狀，窮途末路，不得不求助於左右賢王，調集草原上能彎弓射箭的騎士，舉一國之力圍攻區區五千壯士。我五千健兒轉戰千裏，矢盡計窮，救兵不至，士卒雖然傷亡，但仍然在危急關頭，前仆後繼。李陵振臂一呼，全軍將士無不響應，士卒奮起，擦幹眼淚，抹去血跡，再彎勁弩，甘冒霜刃，與敵寇死戰，絕不後退。李陵在全軍覆沒之前，有前線回來的戰士報告，朝廷公卿王侯們無不舉杯，向皇上祝酒慶賀。接下來幾天，李陵兵敗的消息傳來，皇上為此而食不甘味，朝堂上一片沉寂。大臣們惴惴不安，不知所措。在當時，我竟然不自量力，以卑微的身份，看到皇上愁腸百結，一副悲傷憤懣的樣子，恨不能捧上一顆赤誠之心。我認為李陵一向與部下同甘共苦，禍福同享，才能夠在此關鍵時刻，與部下同生共死，獲得部下的衷心擁戴，奮力效命疆場，即使古時名將，也不過如此。雖然暫時陷入敵陣，觀察李陵一向的作為，我相信李陵一定會再尋找機會，繼續報答皇上的厚恩。即使有無可挽回的損失，此次漢軍失敗了，可是創立下的功績也足以告慰世人。我多麼想把心中的想法，向皇上吐露，苦於沒有機會。恰巧皇上詔問，我即把對李陵的看法向皇上陳述，希望能夠作為參考，堵住那些勢利小人的睚眥報複。表達可能不夠準確，引起明主誤會，認為我是在以李陵的功勞，來貶低貳師將軍的功績，為李陵遊說開脫，隨後將我逮捕入獄。可憐我拳拳忠心，卻難以自我辯解，最終以侮慢而獲得欺君之罪，按照廷尉的定罪，將會受到嚴懲。由於家貧，家中的財產不足以贖罪，平時的交遊也愛莫能助，皇上的左右親近，沒有人願意為我辯護。身非木石，麵對執法官吏的威嚴，關在幽深的大牢中，又能向誰訴說！現在少卿也身曆其中，我當時的心情，不正是少卿此刻的心情嗎？李陵已經投降，連累了他的家人，而我竟然被推入蠶室，遭受腐刑，終為天下人所恥笑。痛心！痛心啊！
事情不是一二句話，即可以向俗人解釋得清楚。我的先人不曾立下過蓋世的功勳，享受到剖符丹書的榮耀，所任職務也僅是負責文獻、史籍、天文、曆法，近似於負責占卜、祭祀的官吏，在皇上眼中，如同倡優一樣，可以任意侮慢，也為世俗所輕視。假若我伏法被殺，好似九牛身上拔去一毛，性命與螻蟻又有何區別？世人看待我的死，不可能與死於名節的人相比，隻會認為我是罪大惡極，對自己的罪行無法狡辯，獲罪難免，才走向刑場。為什麼？我的工作性質，已經決定了人們對我的看法。人固有一死，或重於泰山，或輕於鴻毛，死的意義有所不同。人受到懲罰，首先不能辱沒先人，其次不能辱沒自身，其次不能受到非禮的侮辱，其次不能受到責罵的羞辱，其次不能被繩索捆綁，其次不能穿上囚服，其次不能戴上刑具，受到箠打的淩辱，其次不能剃去毛發，戴上鐵圈受辱，其次不能毀傷肌膚，割裂肢體受辱，最極端的則是接受腐刑，這是最重的侮辱。《禮記》上講：“刑不上大夫”，指的就是要愛護士人的氣節，不能隨意忽視。猛虎遊弋於深山，百獸恐懼，等到落入陷阱，關在獸籠裏，搖尾乞食，虎威已經蕩然無存。因此上古時才有畫地為牢，士人拒絕進入，削木為吏，士人拒絕應對，以自殺來麵對羞辱。而今，士人卻要麵對著：手足遭到綁縛，身上戴上刑具，暴露肌膚，忍受箠打，關在幽深的大牢裏。到了那時，麵對著獄吏，誰還敢不以頭撞地，看到獄卒，也隻能是屏息靜氣。為什麼？已經被牢獄中的積威嚇破了膽。投入監獄中的士人，說不會受辱，那隻能是自欺欺人，人那裏還有尊嚴！當年的西伯周文王，是身為伯爵的諸侯，被拘押在羑裏；李斯，是秦國的丞相，最終受到五刑的處死；淮陰侯韓信，曾經是楚王，在陳縣被戴上刑具；彭越、張敖南麵為王，也曾經被關押在牢獄，受盡折磨；絳侯周勃誅殺呂氏家族，權傾朝野，也曾經被關在請室；魏其侯，身為將軍，也曾經穿上赭衣，戴上三種刑具；季布曾經做過朱家的鉗奴；灌夫曾經在居室中受辱。這些人均為當時的王侯將相，聲名遠揚，等到身陷囹圄，沒有含憤自殺，也隻能是與平民百姓一樣，古今相同，怎麼會不受到侮辱！因此說來，人的勇敢和膽怯，是形勢造成的；人的強與弱，是環境逼迫的。這其中的道理，明白以後就不會再感到奇怪！人不能在定罪前就自殺，稍顯猶疑，等到鞭子落在身上，再想著去為名節而死，豈不是太晚！古人對於士大夫用刑非常慎重，就是因為這些道理。人沒有不貪生怕死的，思念父母，顧念妻兒。也有激於義理的人，不屑於此，但那也是迫不得已。我不幸很早即失去雙親，又沒有兄弟姊妹，孤身一人，少卿想我當時會怎樣地思念妻子、兒女？勇敢不一定非要為名節去死，怯懦也可以向往道義，何時何地不能激勵自己！我雖然怯懦，為活命而苟延殘喘，也懂得生命的意義，以至於含垢忍辱在獄中受刑！奴婢侍女尚能夠不甘受辱而自殺，我卻麵對著死亡，竟然這樣身不由己！之所以隱忍苟活下來，陷入糞土而不願意離世，是我心中還有著未了的願望，恥於一旦死去，所著作的文章不能流傳於後世。
自古以來，有多少富貴者聲名湮沒，人數難以統計，隻有那些卓越的人，才會留名於後世。西伯受拘，演繹《周易》；仲尼受困，撰寫《春秋》；屈原流放，楚辭《離騷》；左丘失明，著有《國語》；孫子髕刑，整理《兵法》；不韋遷蜀，傳世《呂覽》；韓非被囚於秦國，才有《說難》、《孤憤》的問世。《詩經》三百篇，大抵是聖賢遭難受困，發憤努力而完成的。這是因為他們心中鬱結，壯誌難酬，不能夠盡抒胸臆，才不得不用筆來表述，輯錄下來，昭示於後人。比如左丘明雙目失明，孫子被施以刖刑，均已經成為廢人，不能再與常人一樣，隻好退而寫書，以抒發憤懣，希望通過文章，闡釋自己的誌向。我不揣冒昧，也以身殘為籍口，收集整理天下的軼聞趣事，考察成敗得失的起因，總結國家興衰的教訓，寫成一百三十篇文章。希望能夠找出天人之間的聯係，理清古今演繹的規律，提出獨家的看法。初稿還未完成，即遭受李陵之禍，痛惜著作不能寫完，因此在身受腐刑時，仍然心存意念，麵無愧容。現在全書已經完成，希望能夠將其藏之於名山，傳之於後人，在通衢大都，人們都能夠讀到它，以此來彌補我此生所經受的屈辱，即使再忍受千刀萬剮，又有何慚愧！然而這隻能與智者交談，又怎能向俗人流露。
我已經遭受這樣的酷刑，卑賤之人豈難在社會上重新立足，常受到世俗的誹謗、議論。我以口舌之災遭此橫禍，被鄉鄰們所恥笑，讓先人蒙受羞辱，還有何麵目再到父母墳前去祭掃？即使再經曆千秋萬代，也難以洗刷我經曆的屈辱！言及此，我已經是肝腸寸斷，痛不欲生。在家中常感覺忽忽若有所失，出門則茫然不知所往。一想到遭受的羞辱，即會汗流浹背，難以名狀。我現在身為宦者，如閨閣之臣，難道因為羞辱而躲藏於深山洞穴之中！也隻能是隨著世俗而沉浮，因循時事而俯仰，以麻痹自己，免得瘋狂。而今少卿教我在朝中舉薦賢良，這更是顯得荒誕不經。即使我有此想法，自我修飾一番，花言巧語，聊解憂愁。也隻怕到那時不但無益，還會被世俗所猜疑，最終隻能是再取其辱。等到我去世之後，或許能夠看到我的功過是非。書不盡意，略陳鄙陋。
司馬遷去世後，他的史書開始麵世。在宣帝朝，司馬遷的外孫平通侯楊惲首先評論司馬遷的著作，《史記》遂開始在社會上流傳。到了王莽在朝中執政，有人請求朝廷封司馬遷的後人，司馬遷的後人被封為史通子。
讚辭如下：從上古以來，有了文字即開始有史官職務，由史官記錄下史料，載入典籍。到了孔子編撰《春秋》，記述的內容，上至唐堯，下至秦繆公（公元前659-前621年）。唐堯、虞舜之前雖然也有文獻記載，但留存下來的極少，有些記載荒誕不經，不能夠當作經典，因此說黃帝、顓頊的曆史，還不是十分清楚。到了孔子編修魯國曆史，編撰《春秋》，左丘明輯錄史實，撰寫《左傳》，又將不同的史料，編寫進《國語》。還有《世本》，輯錄了黃帝以來，到春秋時的帝王、公侯、卿大夫，以及帝王世家譜係的傳承。春秋之後，七國紛爭，秦國最終兼並了天下各諸侯國，又有了《戰國策》的問世。漢興以來，伐秦而後平定天下，又有了《楚漢春秋》。司馬遷根據《左氏》、《國語》，還采用了《世本》、《戰國策》中的內容，將《楚漢春秋》中所記載的，也詳列在書中，一直寫到武帝天漢年間（公元前100-前97年）。敘述秦漢的部分，較為詳細。摭取典籍，采用民間的傳說部分，上古時的傳略，寫得較為簡略，有些部分，還存在有自相矛盾的地方。因為涉獵的史實非常廣泛，貫穿經傳，馳騁古今，上下數千年，司馬遷可謂是辛勤勞苦，努力耕耘。但對於是非的評論，不如古人，論述大道是先黃老而後六經，敘述遊俠則舍棄士人而收錄奸雄，談論貨殖時則崇尚財勢而羞於貧賤，這是司馬遷略顯不足的地方。劉向、揚雄博覽群書，均認為司馬遷有良史之材，讚賞司馬遷善於厘清條理，辨而不華，質而不俗，文章敘事直觀，引用史實，強調實據，不虛美，不隱惡，可謂是實錄曆史人物。嗚呼！以司馬遷這樣博學多才的士人，還不能憑借著智慧，安身處世，最終遭到迫害，慘遭酷刑，遂發憤著述，《報任安書》是司馬遷內心的真實表露。從司馬遷的表述中，很像《小雅》中，巷伯在憤懣時，寫下來的詩篇。《大雅》中所描述的“既明且哲，善保其身”，隻有達人才能做到，實在是太難了！