經過一番討論，他們決定先對神秘組織和犯罪集團的過往活動進行深入調查，尋找可能的聯係和共同點。
在接下來的幾天裏，柯南和灰原哀與國際刑警組織的專家們一起，日夜不停地工作。
他們分析了大量的情報資料，對每一個細節都不放過。
終於，他們發現了一個重要的線索。在幾年前的一次非法交易中，神秘組織和犯罪集團都參與其中，而且涉及到了一種新型的生化武器。
“難道他們的‘暗影計劃’與這種生化武器有關？”灰原哀猜測道。
柯南點了點頭。“很有可能。我們必須盡快找到更多關於這種生化武器的信息。”
就在他們準備進一步調查的時候，基地突然收到了一封威脅信。信中警告他們不要再插手此事，否則將會麵臨嚴重的後果。
“他們這是在向我們示威。”記者憤怒地說道。
柯南卻顯得很冷靜。“這說明我們的調查已經觸動了他們的神經，我們離真相越來越近了。”
然而，他們還沒來得及做出反應，基地就遭到了不明身份的人的襲擊。槍聲和爆炸聲在基地裏響起，一片混亂。
“大家快躲起來！”國際刑警組織的官員大聲喊道。
柯南、灰原哀和記者跟著其他人一起，躲進了一個安全的房間裏。
“這到底是怎麼回事？”記者驚恐地問道。
柯南透過窗戶的縫隙觀察著外麵的情況。“看來他們是想阻止我們的調查，不惜一切代價。”
灰原哀握緊了拳頭。“我們不能就這樣被困在這裏。”
就在這時，一名國際刑警組織的特工衝了進來。“我們已經聯係了支援，但是需要一些時間才能趕到。”
柯南想了想。“我們不能坐以待斃，必須想辦法突圍出去。”
他們悄悄地打開房間的門，試圖尋找一條安全的出路。但是，外麵到處都是敵人，子彈在他們身邊飛過。
“小心！”柯南一把將灰原哀拉到一邊，一顆子彈擦著她的肩膀飛過。記者嚇得臉色蒼白，但還是鼓起勇氣跟著他們。
在激烈的戰鬥中，柯南發現了敵人的一個弱點。“跟我來！”
他們趁著敵人不注意，迅速衝向了那個弱點，成功地突破了敵人的包圍。
但是，他們還沒有完全脫離危險。在逃跑的過程中，柯南不小心掉進了一個陷阱裏。
“柯南！”灰原哀和記者想要去救他，卻被敵人的火力壓製住了。
“別管我，你們快走！”柯南大聲喊道。
灰原哀和記者無奈之下，隻能繼續逃跑。
柯南在陷阱裏努力尋找著出路，他發現陷阱的牆壁上有一些可以攀爬的地方。就在他準備爬出去的時候，一個敵人出現在了陷阱上方。
“你跑不掉了，小鬼。”敵人冷笑著說道。
柯南毫不畏懼地看著他。“你以為這樣就能抓住我嗎？”