然後，何進便矯詔召集京城內六百石以上的文武官員，立即去南宮嘉德殿集合，奉大皇子劉辨即皇帝位，並為先帝劉宏舉哀獻祭。
一切都在何進的掌控之中，在袁紹的率領下，五千禁衛軍很快便包圍了皇宮南宮，接下來在袁紹的指揮下，禁衛軍很快就登上了南宮的城頭，並且也撞開了南宮的大門，守衛的羽林軍已經是擋不住禁衛軍強大的衝擊了。
蹇碩的親信鮑鴻和馮方也在何苗等人的嚴密監視下，不敢有任何的舉動，畢竟實力相差懸殊，明智的鮑鴻和馮方等人在看到勢頭不對的情況下立即率眾投靠了何進。如此一來，蹇碩再無幫手，成了孤軍奮戰。
袁紹率軍進入南宮之後，蹇碩的手下的鬥誌已經被完全瓦解了，不是戰死就是投降，蹇碩大勢已去。在未時的時候，眼見情況不妙，蹇碩無可奈何之下，隻得放棄南宮，從玄武門的地道退進北宮。
蹇碩的退走，使得袁紹更加輕易地衝進了嘉德殿。在嘉德殿，袁紹並沒有看到董太後、何皇後和兩位皇子，隻有幾個忠誠的宮女守護在靈帝的棺材旁。後來，袁紹在玉堂殿中才找到了抱成一團，縮在牆角的何皇後和大皇子劉辨。
很快，在何進的率領下，文武百官進入南宮，在滿朝文武高呼“萬歲”的聲浪中，劉辨登上了禦座，接過皇帝玉璽，正式成為了東漢的第十二代皇帝。因皇帝年幼，由剛被尊封為太後的何氏臨朝聽政，頒詔大赦天下，改元為天熹，封劉聰為渤海王（後來改為陳留王），擢升後將軍袁槐為太傅，與大將軍何進同參錄尚書事（相當於宰相），袁紹與袁術統領禁衛軍，何顒任北軍中侯，荀攸任黃門侍郎，鄭泰為尚書，這些人直接參與了此次的宮廷政變，必然要受到提升，這是在意料之中。
為了穩定局勢，另外還有二十餘位“清流”也被征召，登上朝堂身居要職，這是李膺、杜密等“黨錮之禍”之後二十年來所為有過的事情，所以，人們眼睛為之一亮，覺得大將軍之舉乃是順應潮流，乃是正義之舉。
登基大典剛剛結束，大將軍何進便領受聖旨，親自出馬，率軍攻打北門。
北門裏麵有蹇碩指揮的羽林軍，也有宦官郭勝、趙忠率領的擔任帝後宿衛、殿堂執勤的軍士，也有一千餘人。但是，此時的蹇碩已經完全落入了下風，局勢已由何進控製，所以郭勝、趙忠就不可能再繼續與何進對抗，而是很識時務地準備選擇了投降，但是對於郭勝、趙忠的變化，仍在率軍抵抗的蹇碩並不知道。
擊退了何進組織的幾次大規模的進宮，蹇碩不禁暫時鬆了一口氣，也知道事已不可為，也準備尋找脫身之計，但是在何進大軍的團團圍困之下，脫身談何容易。好在有董太後和小皇子劉聰為人質，蹇碩倒也暫時不用擔心自己的安危。
但是，兩天兩夜沒有合眼，使得蹇碩感覺到十分的疲憊，看到何進的軍隊暫時沒有發動進攻，便想趁這個時候稍微休息一下，但又擔心何進會趁機突襲，所以在進行了一番視察之後，蹇碩才放心地將防務暫時交給了郭勝、趙忠兩人，蹲在城牆一腳，迷迷糊糊睡去。
就在蹇碩睡著的這一會，郭勝、趙忠和城外的何進、袁紹等人進行了秘密接觸，並製定好了破城之計。
第二天一早，蹇碩和他的人馬剛剛吃了點幹糧，何進便下令發動了進攻。蹇碩急忙登上城頭，冒著城下密雨般的飛箭指揮著羽林軍進行抵抗。蹇碩生得健壯，臂力過人，善使雙刀，再加上蹇碩對平素對手下士兵極好，在羽林軍中甚得威信，這也是為何到了這時候，手下的羽林軍竟無一背叛的原因。
但是，就在蹇碩專心組織人馬抵住何進、袁紹的攻城的時候，忽然身後傳來喊殺聲，蹇碩轉身望去，發現一杆繡有“典軍校尉曹”的大旗正在向這邊湧來，蹇碩心知大事不妙，定是有人私開了城門，將曹操放了進來。
正在這個時候，曹操手下的大將夏侯惇一箭射向蹇碩，正中蹇碩的右臂，蹇碩右手拿刀不住，“當啷”一聲，鋼刀落地，蹇碩忍住劇痛，左手舞著單刀，指揮部下向西門而去。但是，曹操已經料到蹇碩會從西門逃生，早已命令曹仁在西門恭候蹇碩多時。
若是蹇碩並沒有受傷，曹仁還真是不能攔住他，但是右臂受傷，隻剩左臂，使得蹇碩的武藝大打折扣，與曹仁交手僅僅五個回合，便被曹仁一刀劈下馬。雖然蹇碩身死，但是一眾羽林軍竟也無一背叛，拚死反抗，直到全數被殺，看得曹仁臉部肌肉不住顫抖，待最後一個羽林軍倒下的時候，曹仁才歎了一口氣，好像是說沒想到蹇碩也是一個人物，歎息之後，曹仁也沒有任何猶豫，割了蹇碩的首級自去領功去了。
至此，蹇碩之亂便以何進的全勝而結束，自此何進更加勢大，朝中無人敢觸其鋒，朝廷表麵上看好像是平靜了，但是更加洶湧的波濤並沒有浮出水麵，這隻是暴風雨前的暫時的安靜。