早在正月間，內閣就召集了一次各部、寺參與會議舟師問題。
因朝鮮水師在漆川梁海戰慘敗，也導致朝鮮戰場上急需一支能戰的水師。但此次會議卻與蔚山戰役沒多大關係，實為討論搗巢日本本土的計劃。
這提議是禦史徐兆奎所題，兵部討論之後，覺得可行，不但讚同了徐兆奎的意見，還描繪了一幅攻打日本的大致藍圖。
關酋背道逆天，虐用其眾，聞各島憤怨已非一日，糾合出奇，誠因勢利導之策也。舉事莫先於浙，尤莫便於閩、廣，以日本多兩省之人，可以響應。兩省多近洋之國，可以結聯，加之商販雜出其間，可以別用。是在各督撫，同心秘計，隨便酌行，如忠義可鼓，勿待正兵。事機可乘，勿待奏報，而一切假之便宜，毋以議論束縛，致令掣肘。
對此計劃，朱翊鈞表示同意，也很快做了響應，將熟知日本情況，並有意願出兵攻打日本的廣西總兵童元鎮調至浙江，又把浙江總兵李應詔調至廣西。
但就在下達了兩省易帥命令之後，廣西就爆發了瑤民叛亂，為了鎮壓瑤民，童元鎮不得不拖延上任時間，廣西巡撫還上疏請求暫留童元稹，等事平息之後，再放人赴浙江上任。
朱翊鈞隻得同意，但另一邊，浙江巡撫也考慮浙江同為海防重地，又上疏朝廷催童元稹盡快赴任，如若不行，則請求留下原浙江總兵李應詔。
由於廣西戰事的拖延，童元稹也遲遲未能赴任，於是搗巢日本本土的計劃也就此擱淺。
在蔚山之戰結束後，後續新到的援軍有藍芳威統領的五千浙兵駐守公州，繼續開赴朝鮮戰場的還有：三月二十從張家灣起行的5100廣東兵，由陳璘統帥；正月裏就起赴的二千南贛營兵，由傅良橋統帥；一萬川兵，由劉大刀統領，將抵遼陽；一千福建兵，有許國威統領。
開赴中的水師有李天常統領的兩千吳淞水兵；萬邦浮統領的二千南京水兵；已駐紮天津的1300福建水兵，待造完船後出海；三千浙江水兵在去年底就已起行，沈茂統領，如今已過德州；三千廣東兵有張良統領，已在途中；1500狼山兵，由福日升統領，正月間乘船至山東靈山衛；還有同樣正月間出海的三千沙兵，由梁天胤統領。
到了四月二十七日，陳璘率領的廣東兵已到達遼東，而劉綎所率的川軍已進入朝鮮義洲。五月，刑玠又題吳廣領水兵屬劉綎節製，陳璘領水兵赴鴨綠江從之。
至五月中旬，入朝的明軍兵力已近十萬人。
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就在大軍集結完畢，準備再次南下作戰的時刻，丁應泰於五月啟程從朝鮮返回京師。
六月三日，通政司接到丁應泰遞交上來的彈劾奏章，左通政一見事關重大，遂立即抄了副本，再將奏章投到宮裏會極門文書房的收本處，而閣臣張位很快也已知道了揭貼的內容，頓覺心苦。
翌日，朱翊鈞便看到了這封奏章，原來丁應泰以‘貪猾喪師、釀亂權奸、結黨欺君’的罪名彈劾楊鎬等東征將領，一並還有閣臣張位及沈一貫。
揭貼上寫道：“概論遼東巡撫楊鎬、總兵麻貴、副將李如梅等，蔚山之敗，亡失無算，隱漏不以實聞。而次輔張位、三輔沈一貫，與鎬密書往來，交結欺敝也……楊鎬所當罪二十八事，可羞者十事；李如梅當斬者六，當罪者十……”
“嗬嗬，”朱翊鈞看後隻笑了一聲，還算平靜。自打石星欺君罔上之後，君臣之間脆弱的信任關係已經蕩然無存，因為沒什麼信任可談，所以這種事一再發生也不意外。
不過他也並非昏君，如今隻是一家之言，他思索片刻，暗暗估算一下時間，而後問一側的陳矩：“陳矩，刑玠的捷報是多久收到的？”