皇上怎麼都沒想到自己疼愛了那麼久的親生女兒竟然是個冒牌貨，而自己的親生女兒竟然一直當著宮女在他身旁伺候，而他竟然有想要把女兒納入後宮的想法。
種種打擊，都讓皇上心力交瘁，最終病倒在床榻。
紫薇和晴兒忍著悲傷難過，伺候皇上喝藥。
皇上看著氣度溫婉的紫薇，看著端莊大方的晴兒，卻少了那個鮮活的愛笑的小燕子，心裏說不清道不明的難受。
自認是小燕子親哥的蕭劍和皇上等人大吵一架後，帶走了小燕子的屍體，他要帶屍體回大理，也道出了皇上是殺父之仇人的事實。
皇上心力交瘁，著人去調查，一邊調查刺客，一邊調查，小燕子紫薇的身份，一邊調查二十年前的案件。
接二連三的打擊讓皇上心裏鬱結，經過半個多月，案件都明朗了，小燕子確實是個意外進宮的冒牌貨，但是當時也隻是貪戀父愛，而紫薇才是他的親生女兒。
他也沒有下旨滅了蕭家滿門，蕭家是無辜的，雖然聖旨是別人汙蔑的，卻也讓蕭家滅了門，皇上自知自己有愧於蕭家。
便下旨賜婚蕭劍和晴兒，封蕭之航為伯爵，蕭劍可承襲爵位，而小燕子，依舊是 還珠格格，被葬於皇陵。
紫薇恢複明珠格格身份，賜婚爾康。
之後的日子，皇宮內外，仿佛恢複了平靜，隻是少了那個咋咋呼呼的人，讓人實在有些難受的緊。
皇上和令妃，隔三差五就去漱芳齋轉轉。
紫薇哪怕出嫁了，也還是經常往漱芳齋跑。
柳青柳紅得知小燕子死了，大哭一場，從此遠離京城。
明月彩霞和四大才子得知還珠格格沒了，哭的撕心裂肺，也請求皇上不要調開她們，她們願意在漱芳齋，呆一輩子，她們想在這個距離格格最近的地方，每天看著那些家具，幻想著格格還在的日子。
那時候的漱芳齋，充滿了歡聲笑語，那時候的漱芳齋，總是人來人往，不像後來，充滿了孤寂，也有人來，可是，都不是她。
爾泰想救小燕子，卻被小燕子救了，心懷愧疚，久久不能釋懷，最後選擇四處遊曆，去做一個俠客，完成小燕子沒完成的俠女夢。
班傑明心悅小燕子，心上人卻永遠的離開，他後悔不曾表白，也選擇告別那個孤寂的皇宮，一路走，一路采風，畫下沿途最美的風景，希望讓美景驅散他內心的孤獨。
永琪因為小燕子的身份問題，心悅卻不曾表明，內心充滿遺憾，最後被老佛爺和愉妃安排了娶了一個姑娘。
他明確表示過自己心中有人，可能一輩子忘不掉，那個姑娘說，她不介意，她可以等。所以二人名正言順的成了親。
就在小燕子去世三年後，紫薇懷有身孕，生了一個兒子取名東兒後，因難產去世。
在她死後，沒兩年，老佛爺生病去世，後一年，皇上因為承受不住接連喪女的痛，和失去母親的痛，最終病逝，永琪繼位......