陳雲提出要把“文革”大案“六十一人叛徒集團”案翻過來，是因為他在延安擔任中共中央組織部部長7年，深知這一案件內情。
1937年7月7日，在陳雲擔任中共中央組織部部長前夕，中共中央組織部曾作出《關於所謂自首分子的決定》，其中第三條規定：
凡在獄中表示堅定坐滿刑期，送到反省院的同誌，照例要辦自首手續，或填一般反共自願書，才能出獄。如他們是曾經組織允許填寫這類文件後出獄的，得恢複其組織。如具有上述情形，但未經組織允許者，經過工作中考察後，亦得恢複其組織。
另外，在陳雲擔任中共中央組織部部長期間，1941年7月22日，中共中央通過了《關於過去履行出獄手續者（填寫悔過書聲明脫黨反共）暫行處理辦法》，其中第二條規定：
共產黨員在被捕後，毫無叛黨行為，僅僅在刑期滿後或交保釋放時由自己或家屬填寫過“悔過”“自新”一類文件作為出獄手續，而在出獄後仍然堅決革命，並未改變其革命本質，並未對革命發生動搖者，雖在當時中央並無允許履行這類手續之決定，應視為實質上並未叛變。因此出獄後經地委以上審查和認可之後，已恢複黨籍者仍然不變，未恢複或恢複後又被開除者，則在本人要求恢複時可恢複其黨籍。但在黨表上應登記此種出獄情況，以區別於過去拒絕履行出獄手續堅持無條件出獄者。
1945年召開中共“七大”時，陳雲負責審查“七大”代表資格工作，曾有人提出這61人能不能當選代表的問題。陳雲對此作了深入了解，知道這是在抗戰前夕，劉少奇給中共中央寫信，提出這61人可以做個假手續，把他們從國民黨監獄中營救出來。
劉少奇給毛澤東、中共中央的信，是經原中共中央北方局和河北省委秘書長王林從天津帶到延安，交給了張聞天，再由張聞天交給毛澤東的。此後，劉少奇來到延安時，又當麵向毛澤東作了彙報。中共中央經過研究，同意了劉少奇的意見……正因為這樣，陳雲在當時就指出，這61人可以入選中共“七大”代表。
由於陳雲對“六十一人叛徒集團”案有著親自的調查，所以他非常堅決地提出為他們所謂的“叛徒”問題進行平反。
接著，陳雲又對“文革”中的大案——陶鑄以及王鶴壽案件——提出尖銳的意見：
陶鑄同誌、王鶴壽同誌等是在南京陸軍監獄堅持不進反省院，直到七七抗戰後由我們黨向國民黨要出來的一批黨員。他們七七抗戰後還堅持在獄中進行絕食鬥爭。這些同誌，現在或者被定為叛徒，或者雖恢複了組織生活，但仍留著一個尾巴，例如說有嚴重的政治錯誤。這些同誌有許多是省級、部長級的幹部。陶鑄一案的材料都在中央專案組一辦。中央專案組是“文化大革命”時期成立的，他們做了許多調查工作，但處理中也有缺點錯誤。我認為，專案組所管的屬於黨內部分的問題應當移交給中央組織部，由中央組織部複查，做出實事求是的結論，這些結論都應該放到當時的曆史情況去考察。像現在這樣既有中央組織部又有專案組，這種不正常的狀態應該結束。
陳雲又為另一大案——彭德懷冤案——提出平反：
彭德懷是擔負過黨和軍隊重要工作的共產黨員，對黨貢獻很大，現在已經死了。過去說他犯過錯誤，但我沒有聽說過把他開除出黨。既然沒有開除出黨，他的骨灰應該放到八寶山革命公墓。
陳雲提及了最敏感的話題——“天安門事件”——認為應該予以平反：
關於“天安門事件”。現在北京市又有人提出來了，而且又出了話劇《於無聲處》，廣播電台也廣播了天安門的革命詩詞。這是北京幾百萬人悼念周總理，反對“四人幫”，不同意批鄧小平同誌的一次偉大的群眾運動，而且在全國許多大城市也有同樣的運動。中央應該肯定這次運動。
陳雲最後還提出一個非常重要的問題，那就是康生必須批判。須知，康生在1975年2月16日病死時，當時的訃告中，給他戴上三頂“光輝的桂冠”，即“無產階級革命家”“馬克思主義理論家”“光榮的反修戰士”。陳雲卻指出康生犯了嚴重錯誤：
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