在筆者看來，陳雲遭到的批判不多，究其原因有幾個：
一是陳雲出身工人，沒有“剝削階級”之類“根源”可挖；
二是陳雲從未被捕，也就不存在“叛徒”之嫌；
三是陳雲講話謹慎，沒有多少“反黨反社會主義反毛澤東思想”的辮子可抓；
四是陳雲生活清廉、作風正派，沒有什麼可供“揭發”的。
正因為這樣，1969年在中共“九大”預備會議上，毛澤東這樣談及陳雲：“陳雲曆史上沒有變節，經濟方麵還是懂一些的，右是右了些，可還不是極右！”
也正因為這樣，在劉少奇、鄧小平被打倒之後，陳雲還一直是中共中央委員。
不過，也有人一直“惦記”著陳雲，那就是奸詐陰險的康生。1966年8月13日，康生在中共八屆十一中全會華東組小組會上發言說：“陳雲同誌的思想，也是長期與主席對立的。他以經濟專家自居，自認為他的經濟學在主席之上。看看他1962年的報告，就懂得他的經濟學是什麼貨色。他隻講經濟，不講政治，他講的經濟政策，據我看，隻是資本主義的商人經濟而已。”
在康生、江青、陳伯達的鼓動下，紅衛兵們在北京刷出大字標語：“打倒右傾機會主義分子、修正主義分子陳雲！”
紅衛兵小報這樣攻擊陳雲：“陳雲……很少暴露自己。他總是在幕後進行操縱，將自己的活動隱匿起來。正因此，一個時期以來，有許多人無法清楚地了解他。”
1967年年初的一個深夜，紅衛兵、造反派們甚至衝到北京中南海外的北長街的陳雲家，要抄家！當時，陳雲已經被周恩來派人安全轉移到北京西郊萬壽路，家中隻有女兒陳偉華。
據陳偉華回憶：“母親和除我之外的其他孩子，也都或在外地幹校，或在學校住，家中隻有我一人。造反派見沒抓到我父親，就把我揪住‘審’了一通。隨後，他們在地上和牆上到處塗寫下了‘打倒陳雲’的大標語。”
中央警衛團聞訊，急忙派人到陳雲家攔阻紅衛兵、造反派們。國務院副秘書長、周恩來秘書童小鵬也奉周恩來之命趕來，勸阻紅衛兵。然而紅衛兵、造反派們說，他們隻服從“中央文革小組”的命令。周恩來讓“中央文革小組”戚本禹下令撤退，紅衛兵、造反派們才悻悻然離去。
事後，陳偉華到了萬壽路，向父親報告紅衛兵、造反派們前來抄家。陳偉華回憶說：“父親聽說了抄家的事後，不為所動，還是鎮定如常。他從容地坐在沙發上，聽著我仔細描述被‘審’的情況，有時還大聲笑起來。聽著聽著，他老人家站了起來，說：‘紅衛兵抓住我，也沒什麼了不起，我和他們評理就是了。’”
陳偉華還清楚地記得父親說這句話時的情形：“他一邊說，一邊甩起雙臂，做出走正步的樣子，意思是，革命的路還要堅定地走下去。”
“戰備疏散”到江西
在康生之後，猛烈抨擊陳雲的是謝富治。
謝富治此人，論資曆是老革命。他參加過長征，屢建戰功，1955年被授予上將軍銜。1959年出任公安部部長、人民武裝警察部隊司令員兼政委。1965年升任國務院副總理，兼任公安部部長。謝富治積極擁護“文革”，以打擊老帥、老幹部為能事。1967年，謝富治任北京市革命委員會主任、北京軍區政委、北京衛戍區第一政委。
1968年10月17日，謝富治在中共八屆擴大的十二中全會第一小組會上，針對陳雲說了這麼一番話：
“我們回想一下，陳雲同誌在‘七千人大會’上，主席三次叫他發言，他說沒調查沒發言權，後來不到一個月做了個黑報告反主席、反大躍進、反總路線。
“按陳雲同誌的報告搞下去，不知搞成什麼樣子。劉、鄧搞反革命修正主義，朱德同誌、陳雲同誌也是搞修正主義的。‘二月逆流’這些人不死心，還要為他們服務。“陳雲同誌多年不做工作，劉少奇突然抬出他搞經濟小組，收拾‘殘局’，就是搞修正主義。陳雲同誌搞些什麼，多賺錢、賣花布、炒肉片、高價商品。陳雲同誌一貫反毛主席，休息也不幹好事。這些事情都要清算。”
經過康生、謝富治等的“清算”，在1969年4月召開的中共第九次全國代表大會上，陳雲離開了中共中央政治局，而謝富治則當選中共中央政治局委員。須知，從1931年陳雲擔任中共臨時中央政治局常委以來，一直是中央政治局常委以至中共中央副主席，而這一次他僅是中共中央委員——當然，比之劉少奇、鄧小平，算是好多了。
1969年9月30日，為了慶賀中華人民共和國成立20周年，周恩來總理在北京主持盛大招待會。
在新華社發出的電訊中，這樣提及出席者名單：
出席會議的有：
中共中央政治局委員朱德、葉劍英、李先念、董必武；
中共中央軍委副主席陳毅、徐向前、聶榮臻；
人大常委會副委員長郭沫若、阿沛·阿旺晉美、周建人；
國務院副總理陳雲、李富春……
這表明，陳雲是以國務院副總理的身份出席國慶招待會的，雖說當時他早已“靠邊”，早已有職無權，但是畢竟沒有被“打倒”。
就在陳雲出席國慶招待會半個多月後，中蘇關係陷入極度緊張之中，雙方劍拔弩張。為了防止蘇聯的突然襲擊，尤其是應對蘇聯突然的核打擊，中共中央作出緊急決定，把一批老一代的黨和國家領導人緊急送往外地，即“戰備疏散”。