關於西國毛利家的轉封，源義時又聽取禦連判眾的意見，認為安芸、石見兩國遮蔽陰陽兩道與國不利，所以決定調整為出雲、石見兩國三十萬石，宇喜多家獲得備前半國十萬石領地，尼子家轉封備前兩郡五萬石，因幡武田氏獲得伯耆國三萬石，備中三村氏獲得美作無萬石，其他各小號國人獲得安堵或轉封不一而足。
大友義鎮、龍造寺隆信、相良義陽、伊東義佑等九州武士對源義時的號令多有怠慢，雖然及時退出西軍卻無投效之意，因此歸屬西軍之罪不可免，責令減封並轉封亦必不可少，其中龍造寺隆信轉封備後半國，相良義陽轉封美作國五萬石，伊東義佑轉封伯耆國五萬石，這個減封措施是非常嚴苛的。
大友義鎮轉封土佐一國，並告訴他別看土佐一國表高隻有不到十萬，其實開發新田隻需三代人經營便可以提高到三十萬石以上，好生勸慰他不要灰心喪氣，大友義鎮哪會信源義時的鬼話連篇，就算那土佐國真的有那麼神奇又能如何？
他可是擁有九州探題，豐前、豐後、築前、築後、肥前、肥後六國守護的大大名，坐擁精兵六萬俯瞰北九州遼闊的大地，可謂是戰將入雲猛士如雨，又怎麼會讓源義時一句話輕飄飄的減封到那犄角旮旯的窮地方，這個土佐國的表高才九萬石，還不夠塞牙縫的。
大友義鎮很惱火，覺得這個右大將簡直胡鬧，當即就在京都聯合龍造寺隆信、相良義陽，伊東義佑商量返回九州發動一揆，結果當晚的陰謀被忍軍探知，服部正清帶著長尾義景率領的檢違非使闖進來，恰好抓住他們在他們寫下誓書的空檔，可謂是人贓俱獲。
源義時得知此事大為震怒，當即就把參與謀逆的九州武士全族俘虜，闔家老幼一起流放到奧州開山挖礦，並處以領地罰沒改易的處罰，大友、龍造寺、相良、伊東這四氏的舊臣擇優錄入東軍體係內，如立花道雪、高橋紹運、鍋島直茂等人被直接登為禦家人，如甲斐宗運這樣強硬派則被一同流放到奧州。
接著就是轉封己方的大將，在這個時候卻遇到一個難題，是不是應該以征夷大將軍的名義開幕，回歸大內裏的正親町上皇也在敦促源義時開幕，可朝廷卻遇到一個很大的麻煩，當今天皇是足利義昭與織田信長擁立的傀儡，按道理應該廢黜流放這個偽皇，比如平清盛曾經擁立的安德天皇就屬於這種偽皇，一旦平氏政權崩潰就導致安德天皇跟著平家霸業一起跳入大海自殺，
現在足利義昭與織田信長一囚一死，按照規矩這位偽皇起碼要廢黜流放處置，可流放這位天皇又要帶來一個麻煩，正親町上皇就隻有當今天皇一個嫡子，流放他就必須從伏見宮親王家扶持一個親王做天皇，這是正親町天皇以及朝廷公卿們所不能允許的。
源義時要開幕就必須解決這個麻煩，從夏天打完宇治川之戰一直磨蹭到入冬，他就一直呆在京都想辦法處理這個巨大的麻煩，理智告訴他應該趁機扶立伏見宮親王家的孩子做繼承人，正親町上皇恰好有幾個猶子就是伏見宮親王家的嫡子。
可若考慮到朝廷與幕府的關係，他又應該作出這麼明顯的行為，很容易讓人聯想起跋扈的北條家，還有同樣囂張的足利尊氏，這樣或許會為給幕府與朝廷造成一定的隱患，還會給自己的子孫開一個很不好的頭，讓他的子孫以為欺負朝廷是一件很容易的事。
當將軍不懂得尊重朝廷的權威，就是蔑視武家法度踐踏製度的開始，自己製定的法度朝令夕改肆意踐踏，就沒有資格讓人心服更沒辦法取信於世人，惡的花朵在跋扈中悄然綻放，一如德川幕府兩百多年裏對朝廷的前倨後恭，最終覆滅一樣。
就在他苦惱著不知該如何處理棘手的麻煩，長尾虎姬帶著夫人和孩子們來到京都，跟隨一起到來的還有他的嫂子近衛賢子以及源義時的兩個養女足利輝姬、足利淳姬，當他看到足利輝姬變成越發出落的大姑娘，心裏頓時靈光一閃。
“禁中之變裏，勸修寺晴豐夥同二條晴良充當佞臣的角色，雖現在已被幽禁於家中不得出戶，但他的妹妹藤原晴子卻安然無恙，參與謀逆的罪臣之妹不應該繼續做女禦……”
腦袋的念頭一冒出來就無法遏製，源義時不禁撫掌大笑道：“即便讓藤原晴子繼續做女禦也無關緊要，其所生的孩子也將變為庶出而失去成為天皇的資格，所以餘決定恭請天皇早立中宮！輝姬生於弘治元年（1555年），年齡比天皇略小三歲，正是一對佳偶，就這麼定了！”