一場失敗雙方都在反思著吸取教訓，西軍大將不敢再放東軍動手，於是就借助澱川上內河水軍的優勢封鎖澱川，希望籍此機會壓製東軍的行動，這一招起到非常不錯的效果，一條澱川連接宇治川、木津川和桂川，這幾條河流拿不住就不存在控製畿內這一說。
水路被封是要命的短板，這就好比一支精銳軍團不敢輕易過河，害怕一過河後路就被截斷，背後就會遭到敵方突襲，藏在暗處的敵人總是最難對付的，當年源義時也是借助這幾條河流屢次阻擋三好家，讓三好家就是吃了這個大虧，這會兒山水輪流轉又該他頭疼了。
無奈之下，源義時治好下令調撥外海水軍前來馳援，雙方的外海水軍在大阪灣上激鬥數日，到最後還是東軍憑借蓋倫大帆船的強勁火力，把西軍的淡路水軍、河野水軍打的潰不成軍，隻可惜東軍的外海水軍鮮有小船，進入內河支援的力量有限，對抗數百艘內河戰船很難取勝，內河水軍眾知道外海被東軍控製也堅決不出來，雙方就這麼僵持著誰也沒法奈何誰。
這個僵持的過程並沒有持續太久，源義時很快就找到破解的辦法，命令東軍的先鋒大將本莊繁長，率部兩萬餘眾攻陷京都城東部的伏見山城，這座城堡曾是源義時多次出陣京都的主陣地，拿下這座山城可以俯瞰整個京都，將城內的所有動向一覽無遺，這觸發織田信長最後一道警戒線，大戰就此拉開。
第二日天還沒亮，距離太陽升起還有一段時間，織田信長便唱著他的《敦盛》出發，一如十幾年前桶狹間裏的情景，帶著自家本陣五千軍勢從本能寺出陣，接著分部在京都的各路大將聚集起來，當離開京都的時候已經聚集四萬餘眾，接著京都之外的船岡山城、小泉城、勝龍寺城各部軍勢也同時出陣，一條長長的巨龍橫貫而出。
軍議的分兵策略頗具戰國時代的獨有特色，十四萬大軍分成數陣各自為戰，毛利輝元兩萬餘眾向東北移動，作為北翼與伏見與山上的本莊繁長對峙，三好義繼率領兩萬餘眾向木津川北岸移動，作為南翼與北條時政對峙，織田信長率領六萬軍勢作為本陣，跨過宇治川在久禦山布陣，餘者各路國人眾散布在宇治川東岸的廣袤平原上。
明智光秀眺望著遠處那連綿不絕黑色軍勢，從南到北橫貫宇治川與木津川兩邊，站在原地四處眺望仿佛延伸到天邊，依然可以看到那黑色的兵丁和白色的旗幟，不禁感歎道：“二十八萬大軍，比等持院所率大軍還要多！看這煞氣衝霄遮天蔽日的氣勢，讓見聞者生出驚心動魄之感，想必當年後醍醐天皇也是見到此情此景才心生絕望的吧！”
“噓！噤聲！沒看到公方殿下和主公的臉色不太好看嗎？”順著佐佐成政指引的方向，才看到足利義昭與織田信長的臉色很難看，兩位從沒想過二十八萬大軍擺開陣勢那得有多可怕，自覺十四萬人已經是非常可怕的力量，比這多一倍就更難想象。
這時候東軍那邊忽然響起一陣軍太鼓，西軍眾將緊張的差點下令射箭，還好他們及時想起東軍距離有效射程還遠的很，靜靜的等待一會兒看見東軍緩緩的向前進發，織田信長也立即下令西軍還以顏色，你走一步我也走一步，關鍵時刻氣勢不能送了半分。
待雙方距離有三箭的距離同時停下來，隻見一名魁梧雄健的武士騎著一匹身姿挺拔格外高壯的駿馬，身著金銀兩色璀璨生輝的大鎧緩緩走出東軍本陣，在他的身後飄舞著四麵白旗，分別是八幡太郎源義家、南無八幡大菩薩、足利上総三郎義時以及源氏笹竜膽旗印，每一麵大旗高數丈，通體潔白明亮讓人見之難忘。
西軍武士驚呼道：“那是禦白旗！那人是源二位右大將殿！”
在西軍驚歎聲中，源義時獨自一人策馬走出本陣，緩緩走到戰場的中間駐馬停步，傲慢的搖頭四顧長開雙手作出一個擁抱的動作，接著大呼一聲：“京都！我源義時回來了！”
“放箭！快放箭啊！”足利義昭快被他氣瘋了，歇斯底裏的咆哮著，麵部猙獰恐怖仿佛一隻地獄裏爬出來的惡鬼，許是西軍的將士看到他的恐怖表情，急忙下令弓箭足輕立即射擊，一排排箭雨落在距離源義時腳下很遠的草地上，即使運氣最好的一支箭距離他也有幾米遠。
源義時不屑的一笑，舉起雙手突然合十，在人們以為他在禮佛的時候，突然分開又合十竟然鼓起掌來，東軍的武士跟著發出一陣哄笑聲，跟隨著主將的動作鼓掌，這次織田信長也有些受不住，怒吼道：“鐵炮隊上！射擊！一定要殺死他！”
鐵炮足輕緩慢的填裝火藥、鉛彈、試火繩、瞄準、射擊，本來這一套流程就需要四五十秒，現在一緊張竟用掉一分鍾才完成，好在終於完成這一輪射擊，乒乒乓乓的傳來鐵炮激發的爆響，待硝煙散盡才發現源義時依然鎮定的站在原地不動，舊式火繩鐵炮的最大射程還不到弓箭的一半，他站的位置連弓箭都射不到，放鐵炮純粹是在尋求自我安慰。
源義時冷笑一聲，緩緩抽出源家重寶髭切，高聲說道：“昔有將軍足利義輝，漂泊於江州寄身阪本，為興幕府報父仇，起兵入洛驅逐三好，勵精圖治二十餘載塑幕府中興之勢，卻為其弟足利義昭夥同惡黨三好氏所壞，足利義昭其人歹毒無比，殺兄弑母以圖自立將軍，而後又夥同凶徒織田信長廢立天皇，把持朝政火燒比叡山，霸占畿內為禍京都，其害之烈數倍於楠木正成，是為朝敵佛敵武家共敵也！”
“你……你這個混蛋！你血口噴人！你你……”足利義昭麵色漲紅，指著站在遠處長篇大論的源義時連一句完整的話都說不出來，西軍士卒們多數是鄉下務農的農兵，沒見過世麵也不知道幕府的恩仇內幕，乍一聽到自己效忠的將軍竟是這種人，哪還願意為他賣命送死，若不是各路大將即使彈壓，說不定這場合戰就要到此為止。
“我等武家，以脊梁支撐家業以雙手開拓荒原，劈荊斬棘腳踏實地，曆盡千險代代傳承方有今日今時之尊崇，我等靠的是雙手的打拚和奮鬥，更依靠著忠孝仁義之千古大義立命也！不知忠則弑君，不知孝則滅親，不知仁則好殺，不知義則為亂！”
源義時突然單手戟指足利家紋旗和織田家紋旗下的西軍本陣，大喝道：“而此足利義昭，弑君滅親好殺為亂，古往今來少有觸犯不忠不孝不仁不義之人，織田信長火燒佛教聖山比叡山延曆寺，殘害佛子、燒毀伽藍、推倒佛塔、破壞佛像，犯下五逆重罪！被斥為第六天魔王之人，此等惡賊，諸君可從之呼？”