將軍山城、伏見山城、中尾城全部在左京以東的東山附近，三好家用行動表明自己堅決要把阪本方向的水路陸路進軍路線全部掐死，想過來要麼不惜一切代價殺頭重重阻隔硬闖過來，要麼你就老老實實呆在琵琶湖裏欣賞潮起潮落的風景。
山本時幸覺得自己率軍硬突山城國絕對得大虧，出兵太少根本突不過去就被打回來，出兵太多又要麵臨阪本的要害之地暴露在光天化日下的危機，越前朝倉家和近江淺井家必定會趁機出兵來個釜底抽薪，與其瞻前顧後舉棋不定，不如退一步鎮住背後的兩個跳梁小醜，給其他人騰出施展的空間。
關東足利家用行動表明不打算亂插手畿內的動靜，並且願意居中聯絡畿內各路國人眾起兵攻擊三好家，於是丹波國波多野秀治、河內國畠山高政、南近江國六角義賢、若狹武田義統相互連攜，北、東、南三個方向夾擊三好家的老巢攝津國。
計劃是這四家領主自己商討出來的，山本時幸隻是提供一個坐在一起共同探討出陣計劃的機會，並不幹涉畿內大名籌謀用計，根據計劃先期行動的是波多野秀治，他率領一萬五千軍勢翻越山峠進出京都附近的桂川，打算直接對三好家掌控的京都動手。
接著行動的是近江的六角義賢，派出大將永原重隆率領一萬軍勢，從側翼威脅宇治川流域的勝龍寺城，他的打算也是直接威脅京都掐斷三好家對京都的支配權，至於攝津國芥川山城之類的危險地方完全沒有考慮過，武田義統委派粟屋勝久率領兩千軍勢，尾隨六角家的屁股一同出兵，若狹武田家的軍事意圖不太明顯，更像是來湊個熱鬧打打醬油的。
最激烈的還要屬河內國高屋城的畠山高政，人稱畿內“宿將”的家夥常以自己惡鬥三好長慶為榮，於是他就募集河內國人眾一萬五千軍勢，大和國人眾一萬軍勢力以及暗中聯絡紀伊國根來眾八千軍勢，對侵蝕河內國中大片領地的三好家發動猛烈攻勢。
戰爭開打沒多久，內藤宗勝從八木城逃出向三好家求援，三好長慶敏銳的察覺到風向不對似乎他們有危險，於是命令其嫡子三好義興率領一萬軍勢在桂川上遊嵐山城布陣，他的任務是負責抵禦丹波國波多野秀治的入侵。
三好義興的軍事水準頗為可觀，常被稱讚為“実休第二”就可以看出他在三好家一幫瘸腿將軍裏算的上出類拔萃，再配合經驗豐富的大將內藤宗勝及配下三千軍勢，可以穩穩的壓製波多野秀治所部的攻勢。
另外委派鬆永久秀所率領八千軍勢對大和國人眾展開狙擊，坐落在大和國邊境的信貴山城起到巨大的牽製作用，筒井順慶及配下一萬大和國人眾不敢輕易越過紅線，鬆永久秀抓住機會對大和國展開調略，三兩下就把這幫僧兵集團調略的人心混亂不複往日的團結。
接著三好長慶親自率領一萬軍勢對坐鎮勝龍寺城，對付企圖來占便宜的六角、武田一萬兩千人聯軍，因為聯軍的行動有快又慢，有的積極主動企圖打敗三好長慶成就威名，有的則漫不經心不願意出大力氣對抗三好家，將士心不齊意誌不統一就給三好家各個擊破的機會。
趁著大和國人眾被逼退的機會，鬆永久秀從大和國迂回到山城國南部，從側翼威脅永原重隆所部一萬軍勢，趁著六角軍大將拿不定注意的空檔，三好長慶率軍強渡澱川並與鬆永久秀所部三千別動隊彙合，嚇的永原重隆以為三好長慶還有後手，連忙下達撤軍令原路返回觀音寺城。
這場戰爭從永祿六年初一直打到年末十一月，在京都西郊爆發的嵐山城合戰裏，三好義興連攜內藤宗勝擊破波多野軍先鋒，成功將丹波國人眾逐出山城國攆回自己的老巢，內藤宗勝見形勢一片大好，立刻提議趁機掩殺過去打入丹波國奪回失去的控製權。
這個提議立刻得到三好義興的積極響應，兩軍合兵一路沿著丹波國人眾撤退的方向追擊，奪取內藤家的八木城又馬不停蹄的攻城略地，撤退回各自領地的丹波國人眾根本沒想到三好家竟會不依不饒的打上門來，一時間準備不足被打的措手不及連連敗退。
丹波東部的幾路國人領主被迫降服，兵火一度燒到波多野家的八上城前，若不是三好長慶的詔令要求三好義興見好就收，說不定還要打一場八上城合戰以決出丹波國的歸屬權，這個戰果早已大大超乎三好義興的心裏預期，丹波國人眾有一小半再次降服三好家，讓內藤宗勝的日子好過很多。
鬆永久秀率領的五千軍勢始終與大和國人眾對峙，他更擅長陰謀詭計而非戰陣兵法，借著對峙的時機再次度大和國人眾調略，非常順利的買通大和國人眾幾位有力國人，在大和國中製造騷動迫使大和國人眾不戰而退。