盛極一時的木曾氏突然覆滅，給南信濃帶來的影響還是非常大的，木曾一族的殘黨全部捕擄扭送春日山城接受懲罰，隻是走個過場就把這些武士全部發配到佐渡島流配，木曾穀附近從屬於木曾氏的領地全部罰沒，投效有功的少數木曾氏譜代家臣給予安堵本領的保證，但這些國人已經無法形成氣候。
木曾穀絕大部分領地被吉良義時收取，使得吉良家對南信濃的影響力大大增加，進一步促使伊那郡的格局產生巨大的變化，伊那郡內國人眾不管是有心還是無意的向吉良家靠攏，他們深刻的意識到這位主家不但身份高貴，而且還是個心狠手辣決不留情的人物，似乎比武田信玄還要更可怕的樣子。
收獲一塊領地本應是一件高興的事情，可吉良義時卻無論如何也高興不起來，他從沒想過要木曾穀這麼點地盤，處置木曾一族也是迫不得已之下臨時性的動作，在處置過木曾義昌一族郎黨之後，又急忙派出奉行對伊那郡內國人進行新一輪安撫工作，生怕這些國人因為木曾氏的死亡而留下深刻的陰影，以後再想扭轉過來可就千難萬難了。
所謂物極必反就是這個道理，往往你給的壓力越大，那麼反彈的力量也就越強，別看他幹起抄家滅族的勾當來幹淨利落從不拖泥帶水，其實在做這一切之前都要反複思量仔細謀算，行動過後還要進行許多安撫和一係列優待。不能讓當地國人形成唇亡齒寒的心理，讓他們不自覺的抱團對他這個就是個災難，畢竟他們又不是一向一揆有個可以殘暴的理由。
安撫的方法有很多種，最簡單的就要數大棒丟完給胡蘿卜，吉良家的奉行官就是去送胡蘿卜給伊那郡內國人，同樣收到胡蘿卜的還有飛騨國人，撤山村拆城砦，建村町開新田，修街道整堤防，從吃穿住行四個方麵對南信濃及飛騨國進行全麵革新。
先期計劃要用五年的時間，分批次在兩地累計投入十萬貫文用以改善道路交通，整頓河防堤壩，革新農業興建更大更寬闊的村町，人口集中起來既能夠形成規模又可以減少管理成本，拆掉多餘的城砦隻保留少部分被吉良家控製的支城，可以有效的提高支配對兩地的力量，確保兩地的國人不敢生出禍亂的念頭。
至於新農業發展則需要押後，南信濃及飛騨國的地形十分類似，主要是以山地丘陵較多而平原相對稀少，兩地以種植大麥為主和越後、上野、北信濃的情況完全不同，因而奉行眾也要適當的作出調整，小麥的特點是植株矮麥芒短，穗長且高產，而大麥則正好相反，植株高麥芒長，穗短且相對不高產，兩種作物的種植適用範圍和方式相差不大。
所以進入兩地奉行首先要做的是把相對不高產大麥，改成相對更高產的小麥種植，再鼓勵當地農民在冬季種植大豆作為輪作法，還有最重要的堆肥建立點也需要很多的人力和時間，這些使用技術推廣下去就不是端起能完成的，需要一兩年甚至更久時間來積澱。
吉良義時到不怎麼擔心奉行的治理手腕，而是擔心給飛騨國及南信濃的國人留下巨大的心理創傷，他的應對之法是派出少量忍者潛入兩地拉攏控製一些當地比較有影響力的武士，讓他們四處宣揚三木氏及木曾氏冒領名門，並有勾結畿內叛逆三好氏的惡行，就依靠這種辦法慢慢的把滅殺兩個家族在當地造成的不利影響給扭轉回來。
一堆事剛忙完還沒歇息幾天，古河公方的異動就傳到他的耳邊，早在幾個月前他就知道足利藤政四處活動十分不安穩，但沒想到這家夥竟然喪心病狂到對上総足利家行不利之舉動，而後傳來的相關信息也證明這位古河公方足利藤政的癲狂行為。
拿著厚厚一疊情報隨意的丟在案幾上，低聲冷笑道：“竟然勾結畿內的三好長慶欲對餘行不利的打算，這幾個月裏還真讓他把關東、羽奧的幾路國人給說動，餘還真不明白這幫號令不齊心思不一的國人眾能對餘造成多大的影響？這件事可越來越有趣了！”
本多時正笑著說道：“真是瞌睡送枕頭，這不正是侵入關東的好機會嗎？打敗關東公方就可以打進關東了。”
“隻怕沒那麼容易。”細川藤孝皺眉說道：“這古河公方串聯關東武家對抗我上総足利家，但到底怎麼打還是個問題，依照目前的情況來看以下野國和陸奧國的國人眾為主發動的戰爭，恐怕是個巨大的陷阱，要把我等誆騙到一個極其危險的泥沼裏去。”
在座的譜代家臣的反應也是各不相同，有些人覺得打比較好而有些覺得應該穩妥些不要妄動兵火，主戰派多是行伍出身的百戰大將，主和派則以坐鎮後方的奉行官為主，稱呼他們為主和也不太恰當，隻是這些奉行眾更傾向於不用戰爭而改用外交手段來解決矛盾。