在討伐令發出後半個月裏，春日山城下聚集起兩萬大軍，這個動員速度遠遠超過東國所有大名，這兩萬大軍被分作兩批次，其中五千人將由齋藤朝信作為大將趕赴越中，在那裏將與山本時幸、沼田祐光、柿崎景家等人所率領的一萬五千軍勢彙聚在一起，執行吉良義時的討伐戰略。
另外一路則以長尾景虎為總大將，率領一萬五千人並攜帶吉良軍團的主力趕赴出羽援救田川郡內有力國人大寶寺氏，另外信濃方麵的設樂貞通、宮部繼潤以及真田幸隆所部負責掃蕩信濃國中一向一揆殘黨，並發布懸賞令，但有檢舉一向一揆餘孽者一經核實確認便可領取五十文到十貫不等的賞錢。
在貪圖利益的鄉民配合下，很快就捉拿到千餘名一向一揆殘黨，雖然到最後都沒能再捉到武田竜芳，不過還是順藤摸瓜著捉到幾處一向一揆的秘密聚集點，挖出其中藏匿的金銀財寶價值數萬貫，糧草六千石軍械千餘套涉案資源大的驚人，由此可見這支力量早就被武田信玄深深的根植在信濃許久。
至於被捉拿的一向一揆殘黨，被押解到春日山城經過層層審訊確定身份與涉案的層次，主犯全數吊死以儆效尤，從者根據犯下的罪過等級流放至越後各個礦山中挖礦，等待他們的將是永生永世的礦工生活，這是吉良義時學會的新方法，隻殺首惡餘者不如流配更合適。
信濃如此大規模的清剿境內一向宗很快波及到上野國，很快上野國人也在吉良義時的特許下對國中為數不多的一向宗寺院開刀，抓捕一向宗僧侶流全數流放佐渡島，霸占一向宗寺產並按比例將奪來的戰利品繳納一半予吉良義時，幾乎頃刻之間就將上野國中無辜的一向宗寺院打入完結不複的深淵。
同時吉良奉行眾開始發力，三井虎高調任上野奉行主持上野國中檢地，撤並村莊拆毀城砦的相關工作，對於上野國人的不滿和抱怨，三井虎高解釋道：“給你們新的村莊，更安全的居館還不夠好嗎？這名山大川上建滿土樓山砦與國何益，若有朝一日天下太平你們還繼續住在山裏嗎？”
還有人擔心城砦被拆萬一遭遇武藏方向的北條軍，或者下野方向的進攻就不知該如何抵擋，對於這類有深度的質疑，三井虎高則和顏悅色的告訴他們不用擔心，隻要主上出馬便會戰無不勝攻無不克，主上認為據險而守不過插標賣首之輩，隻要有人敢打入越後就必須做好遭受猛烈反擊的準備。
三井虎高上任第一件事就是推行樂市令全麵廢止座商特權，並從寺社奉行虎哉宗乙那裏取得一張天價罰單，罰沒所有與一向宗關聯的座商不法財產，從根本上切斷一向宗在上野國的一切活動力，信濃的伊奈忠家以同樣的手段洗劫所有一向宗的產業，一時間整個信濃隻有伊那郡、諏訪郡中有幾座一向宗寺院苟延殘喘，其餘寺院及僧眾全部被剝奪。
借此機會，寺社奉行虎哉宗乙開始推行僧籍管理製度，將人心惶惶的信濃、上野兩國寺社眾納入吉良家的寺社體係內，用軟刀子一點點把寺社眾手中的富餘田產割離出來，再配合禁止土葬製度以及興建公共墓園的等手段，一手胡蘿卜一手大棒硬生生拆掉寺社眾那僅有不多的抵抗力。
這一點不得不說善光寺的栗田寬安非常聰明，自家隻保留川中島善光寺本拠一處寺產及少量田地，剩餘的寺產全部捐贈出去，他已經決心做一個合格的僧侶而非武士，武士還要見人磕頭行禮冒著殺頭的危險掙軍功，遠不如他守著鐵飯碗過日子來的輕鬆自在。
吉良義時對這種識時務者的俊傑非常看重，很快發布新的諭令，凡是願意主動配合詔令的寺社將給予一定的免稅免貢額度，免除額度在總體稅賦年貢的三分之一到一半不等，並言明僧人永不加役，保證僧人超凡的地位不被壓迫，並允許富裕的寺院用錢雇傭附近的町民或者居住在町內的農民為寺院務農，部分完全放棄耕作權的寺院自然不會收取一丁點稅賦。
隻要你不耕田不占田不接受掛靠的田地就一文稅都不收，隻要你想保留田產和耕作權，那麼有多少土地就收多少年貢與稅收，如果是雇工耕作很可能去掉年貢稅賦以及雇傭的費用之後幾乎不剩多少收益，遇到災年可能還要虧上一筆。
長此以往寺社眾會自然而然的放棄擁有田產的奢望，有那個功夫還不如鑽研怎麼開****賺香油錢，禁止寺院與座商勾結保證吉良家的屋號在信濃、上野國的利益不受損害，並吸收破產小商人的加入逐漸擴大自己的影響力。
同時通過僧籍控製僧人的數量及增長量，允許各寺擁有一定的寺族，就是寺院住持或者院主所生育的後代，同時規定必須招募一定量新僧侶充實寺院的新鮮血液，這多種手段的壓製和鉗製把寺社眾的力量壓製到領主可控範圍之內。
還是多虧越後、信濃、上野諸國寺社眾影響力有限，若是放在畿內或者西國等寺社力量強大的地區，說不定這就要鬧出天翻地覆的大事情，吉良義時正是要用這種手段，潛移默化的削弱這個主導中世日本發展的宗教集團，不能讓他們肆無忌憚的發揮自己的影響力，這個天下終歸是武家的天下。