不久之後，武令媺又改革朝堂議政製度。她以三位文臣輔臣為核心設立內閣，另外再挑選兩位文臣進入內閣議政。連尚介老大人被推舉為第一任內閣首輔，次輔為長肅親王。另外兩位閣臣是禮部尚書徐兆中和吏部尚書鄭雲閣。
為彰顯內閣大臣的地位，但凡入閣便賜予從一品的少保虛銜，享受少保待遇。朝臣們皆以閣老稱呼這五位頂尖文臣。不過，內閣大臣任期隻有四年，可以連選連任，但最多隻能連任兩次。推舉內閣大臣的方法，暫時隻有一個簡單綱舉，日後征集朝臣們的意見加以完善。甚至，內閣大臣的數量也不是不能再度增加。
於軍事上，武令媺也設立了一個嶄新的機構——軍機都督府。軍機都督府，負責大周軍隊的日常管理和訓練，無調兵權；朝廷的兵部則有調兵權，但無統兵權。兩者之間相互製約。每逢戰事，再由皇帝親自任命軍事統帥，兵部發出調令，都督府都督奉命出征，這樣軍權最終掌握在皇帝一人手中。
大周的第一任軍機都督府總督由羅元慶擔任，安綏老帥任副總督，二人全麵節製大周所有軍隊。四大邊軍大都督、金甲龍驤兩軍大將軍和總管各地城衛戍備軍的城衛大將軍組成七位軍機參讚，便由這九位組成大周的最高軍事機構。府內諸官職如何設立，都有怎樣的職屬劃分，還要一一明確到位。
如同內閣一般，軍機都督府的各位將軍，不是輔臣者都被賜予少保以上虛銜。之所以說以上，是因為安綏老帥被賜予了少師銜。安家出了一位少師，一位少傅，還有正率領定梁軍向楚國諸屬國伸出魔爪的定梁伯霍去疾，真真是軍中大豪門。
而定梁軍，雖然還未曾明確地位，但有攝國公主在，怎麼也不會低。霍去疾的未來定然是軍機都督府九大巨頭之一，現如今他已經掛了軍機副參讚之虛銜，是最年輕的副參讚。
軍機都督府一設立，大周的武將們便沸騰了，他們都知道，大周一統天下的大戰不日就要打響！
武令媺卻還不想那麼快開啟一統天下之戰，她的目光終於落在了刺史們身上。元英三年，皇帝下聖旨，將各地刺史皆召進京陛見。這便拉開了改革大周地方製度的大序幕。
足足花費了兩年功夫，大周全境撤州和刺史，被重新劃分為四十二個省，刺史改稱宣政使。其餘郡縣設置依舊，隻是將原先的大州分割成省而已。
不光如此，宣政使的職責將隻限定於民生經濟諸政事，也不再有司法權，更不再對城衛戍備軍有指揮權。
司法之事上，設提刑使，專管一省司法刑獄。
各地城衛戍備軍最高將領被稱為城衛使，平時聽從軍機都督府城衛大將軍的號令管理和訓練城衛戍備軍，戰事調兵作戰則聽從軍機都督府派出的統軍大將指揮。但各地城衛備軍從小兵到軍官的升級考核、戰時的戰功核算由城衛戍備軍往上級呈報，由兵部審核。
大改革自上而下，地府官府也多有職位變動，大量的年輕官員被充入地方各級衙門。海州被分為三個省，代任海州刺史有一段時間的王輝祖任了其中一省的宣政使。身為通判輔助王輝祖、曆練時間足夠了的連喆勳也走馬上任，成為大周最年輕的封疆大吏——中海省宣政使。
朝廷並沒有厚此薄彼，除去內閣和軍機都督府，各省三大巨頭宣政使、城衛使和提刑使當中，都有政績優異、才德兼備者被賜予少保銜。改革之初，打一棒子再加一把甜棗，有打有賞，是必須的。
而武令媺的改革不光光著眼於政局，她的著重點更在經濟民生、在大周剛剛萌發的科技之光上。農業自不必多說，是大周的立國之本。她提高工匠待遇，尤其是那些改進了農耕工具的工匠，在物質獎勵的同時，還著力於提高其社會地位。