對於漠南蒙古諸部。
皇帝趁熱打鐵，這次有漠南十八部來會盟朝貢，這些部先前被清分為兩旗或三旗，也有一些部的王公還帶著些人馬仍跟著滿清北逃。
朱以海把這十八部打散，分成三大部，左翼鄂爾多斯，中路察哈爾，右翼土默特。
鄂爾多斯原來的尹克昭盟七旗，改為河朔都護府，七旗加上其它幾部遷來，改為十二都督府，狼山南北，黃河東西，置河朔都護府和十二都督府，額磷臣冊封為汗，加封為順承親王。
以察哈爾遷至現蘇尼特之地，以大青山北，東及大興安嶺的高原南部，阿布奈為察哈爾汗，蘇尼特、阿巴噶等劃入，設武川都護府，下設十二都督府，阿布奈封順化親王。
而東麵赤峰以北，大興安嶺以東，以東土默特右翼的穆固為土默特汗，設興安都護府，封穆固為順義親王，下設十二都督府，喀喇沁、紮魯特、巴林等部分設都督府。
對漠北，是基本上按其現狀劃設都護、都督府，基本上沒什麼變動，但對於漠南蒙古諸部，則是大調整。x33xs.com
按報上來的數字，此時除了繼續跟著滿清的科爾沁等部，以及其它部一部份跟隨的，現在歸附大明的十八部，大約是有十八萬戶左右，科尓沁等未歸附者仍有五萬戶左右。
比如鄂爾多斯七旗，就有四萬多戶，察哈爾部有一萬多戶，歸化城土默特有近萬戶，算下來不到二十萬戶，人口有差不多百萬。
漠北三大部數量少些，也有差不多四十餘萬。
加上漠西衛拉特四部和青海和碩特，以及草原上大量出家的喇嘛，總共兩百多萬蒙古人口。
朱以海把漠南的這近百萬人口，分到三十六個都督府，平均每都督府五千戶。
十八部，每部拆分成左右兩翼，分為兩個都督府，戶數不夠的，就從其它多的部落裏拆出來補，有多的部落就分到其它少的。
通過這麼一番拆分重組，形成了三十六個戶數各五千左右的都督府，實際上兩個都督府為一個部落，組成了一個萬戶。
朱以海還讓各都護都督府按部下人口編成衛所，一個都督府下設一個衛，統兵五千，衛下設千戶所，統兵一千，千戶所下設百戶所，統兵一百。
這些蒙古衛所，分為五番，輪流服役，一個衛，平時一千人為現役，四千人為預備役。不過現役的一千，也隻是登記在兵冊上，如果朝廷征召，需要這些在冊的現役兵接受調令，隻少數在役巡界守邊防盜。
蒙古衛所統兵權在蒙古各都府護、都督府，由王公們統領，但衛所兵不得越界，如要出界需要得到朝廷的兵符調令。
王公們握統兵權，朝廷掌調兵權。
這個衛所製，大抵就是讓蒙古部落，每戶出一丁，五丁輪一現役當值，其餘四丁預備。朝廷會派些教官或是長史之類的去衛所任職，不直接掌握統兵權，但可以隨時監視這些蒙古兵。
不過就算在役的也隻是在編，不打仗的時候，仍然還是在家放牧，隻有打仗了，才會受召集結。
東土默特原兩旗男丁隻有四千多，他們組建兩個都督府後，設立兩個衛，下轄十所，但男丁不足，差了六千。
所以就要從人口多的鄂爾多斯等其它部遷一些人口進來，比如喀喇沁。
還有如巴林和紮魯特兩個曾經內喀爾喀五部之一，現在也是很殘，都遠不夠一萬戶，所以就從鄂爾多斯等部拆人過來，蘇尼特這幾年兼並了許多人口，現在就要把多餘的全都遷去不足的部落。
這樣一番整合後，從大部遷去小部的牧民，從此就換上新部落名，跟原來部落沒有任何關係了。
之前韃子把漠南蒙古編為四十九旗，另外還有內屬蒙古八旗歸化土默特，以及外藩察哈爾部等，把原本二十五部分成四十九旗，也是經過了一番人口的調整補充的。
但各旗人口仍然相差不小，並不一樣。
而現在朱以海直接給他們來了個均人口，把原來二十五部四十九旗，加上內屬、外藩旗，全整合為十八部三十六都督府了，每部整合為一個萬戶，一些大的部落因此被遷走了很多人口，實力削弱。
而原來一些小的部落，雖然現在人口大增，也有一萬戶了，但他們分成了左右兩翼兩個都督府不說，而且大量外來部落人口遷入，也使的他們部落不再單純，變的更複雜。