雙方的關係其實早就很緊張，米喇印和丁國棟已經把甘肅當成他們的私人地盤，甚至之前還跟吳三桂私下達成秘密協議，要西北聯保自治。
他們還暗裏去遊說駕弘器等，想要瓜分隴右。
最後又跟葉爾羌汗國的人勾結到了一起。
至於說如今終於反了，舉旗的理由是朝廷正進行的佛道改革。關隴的回回很多，這些人比較特殊。
在唐代時，隨著大食的東進，就有許多中亞西域的人開始改信新月教，後來到了蒙古西征的時候，大量信仰新月教的中亞、波斯、阿拉伯的軍士、工匠、商人等遷居到中國西北和沿海諸省，並逐漸與當地的漢蒙等融合。
最早回回其實在元朝是屬於色目人，後來到了元末時，才算正式有回回，主要就在陝甘寧。
回回其最獨特之處就在於他們是以信奉新月教而形成的一個族群，本身其實是由中亞、蒙古、中原等不少族群組成的。
在後來民國的時候，有人曾說回回就是信奉新月教的漢人，其實雖不準確也不是全錯，因為在西北，確實是有許多漢蒙等最後因信新月教而成了回回一員。
到了此時，陝甘的回回數量已經很多了，他們跟葉爾羌一樣，信奉的是新月教，與信奉藏傳佛教的蒙古人不一樣，也與漢民不一樣。
回回大分散，小聚居。
在元朝滅亡後，回回和蒙古人一樣，也有一個逐步內附的過程。在陝甘，回回繼續墾荒種地，並不斷有歸附的回回遷徙過來，人口不斷增加。
陝西關中、甘肅河州，寧夏靈州至平涼固原各縣，回民眾多，形成大量聚居點。
有明一朝，也是回回融合漢蒙等多民族逐漸形成了回回這個新族群。
明初的時候，朱元璋曾經禁止蒙古色目人更易姓氏，也限製回回內部通婚，采取強迫同化的政策，但朱元璋對新月寺和新月教卻有諭旨承認保護，這也留下了隱患。
經過近三百年，明初那些在陝甘寧墾田的士兵百姓，已經繁衍生息，有了穩定的聚集區，在這些穩定的居住區，形成了以新月寺為中心的文化習俗，與周圍漢人區別越來越大。
明末時，陝北和甘東的回民，就在馬守應的率領下，成為農民軍的主力之一，在明末的風起雲湧中，本就在陝甘寧地方有很強勢力的回回，也是迅速的通過組建團練、鄉勇，歸附新朝等，開始擁有了自己的強力武裝，甚至逐漸控製了陝甘許多地方。
朱以海也是早看到了陝甘寧回回與漢人文化習俗相差巨大，而且他們有很強的排外性，在當時的情況下，回回大有幾分要在陝甘寧建立一個如葉爾羌汗國一樣的****的回國的意思。
朱以海當然不能容忍這種分裂分離勢力，所以他並沒有一味妥協，而是果斷的決定主動挑破膿包。
各地佛道改革，也向陝甘寧下旨，要求奉旨深入推行。
對新教下手，這是最直接的一劍。
尤其是朱以海直接就把新月教定為邪教淫寺，予以取締禁止，要拆除新教寺廟，收繳焚毀新月教經書，將所有新月教寺的長老們，進行遷移入京畿的政策。
這樣激烈的政策，明顯是有意激化矛盾的。
而皇帝這樣做，也是因為他知道，若是按照許多大臣的建議，對他們采取寬容、緩和的政策，尤其是從俗從宜，務安其俗，那後果曆史早就已經演示過了，會非常慘烈的後果。
同治回亂，那是最慘痛的教訓，最關鍵的就是如果完全從俗從宜，那麼這樣下去，慘事還會重演，甚至可能真要分離出去。
要開扇窗，最後先提出推倒房子。
回回內部，尤其是教宦成為門閥，集教長、地主、先生等角色，成為事實上地方上的話語權掌握者，這些人在地方上，比漢地的那些鄉紳們對地方的掌握可強多了，類似於大家族的士紳族長的權威。
教族一體，才是最關鍵處。
簡單的移風易俗，根本是不可能做到的，必須要跟當年大食東進傳教時做的那樣，才有可能改變。
朱以海故意下旨禁教，遷阿訇教職者入京，整編裁撤隴右回軍等，本質就是已經到了不破不立的時候，簡單的安撫等已經行不通了。
當尼堪倒下，吳三桂被迫交出兵權進京，禦營開進關中後，其實朱以海就已經開始動手了，計劃是早就已經深思熟慮了好幾年的，如今隻是到了動手時機而已。
皇帝不僅僅是針對米喇印丁國棟不聽旨意，不肯接受整編，而是要真正的奪回關隴的統治權，族教一體的變綠，將意味著一個回回國在西北建立，這是絕不允許的。
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