達延汗將重新整編東西兩翼六個萬戶，並把自己的十一個兒子，分封到各部為主，但右翼與左翼以前就經常內訌爭鬥，達延汗派次子去右翼三萬戶為濟農（副汗），結果被永謝布的亦不剌太師、鄂爾多斯的滿都賚阿固勒呼密謀殺害。
達延汗召集左翼三萬戶，與右翼的異姓領主們經過了二十年的戰爭，最終將右翼三萬戶徹底臣服，置於統治之下。此後廢除太師職位，重新恢複濟農一職，由大汗嫡子擔任，做為大汗副手，協助管理右翼三萬戶，大汗則駐牧察哈爾，親領左翼三萬戶。
達延汗在位數十年，確實中興北元。
他帶來的另一大影響，就是除了漠西的衛拉特蒙古外，東部蒙古，包括漠南和漠北的各部落，都變成了他的子孫統領。
比如蘇尼特部，雖然是個在成吉思汗以前就有的古老部落，但在達延汗時，也是由其子孫統領，成為察哈爾萬戶下八個鄂托克之一。
騰機思也是達延汗六世孫。
漠北的喀爾喀三汗，雖然後來也不服蒙古本部的大汗了，但他們也還是達延汗子孫。
不過達延汗雖然中興了蒙古，但因為繼承製度，導致他死後，蒙古汗庭難以號令其餘諸部。
比如把蒙古分成了六個萬戶，但大汗駐牧察哈爾，直接統領左翼，右翼三萬戶由一位濟農統領。
達延汗在位時，右翼濟農是他兒子，當然是跟汗廷一心。
但後來達延汗去世時，他的太子比他先死，於是由他的嫡長孫繼承大汗之位。
但這位新大汗權威不夠。
而右翼三萬戶濟農麥力艮死後，其弟土默特萬戶首領阿勒坦成為右翼三萬戶事實上的首領，在他率領下，土默特實力不斷增強，進駐古豐州川，成為右翼最強一部，豐州川都因此改稱土默川。
阿勒坦後來率軍擊敗經常背後捅蒙古刀子的兀良哈萬戶，每次蒙古南下進攻明朝邊境，他們就在後麵襲擾其它蒙古人。
阿勒坦將其擊潰，把他們並入其它五個萬戶中，因此他的族兄蒙古大汗博迪汗還封他為索多汗，意為護衛汗庭的小汗。
阿勒坦開始稱汗，後來實力強勁，再次率領右翼三萬戶對抗汗庭，甚至把大汗本部察哈爾給從宣大邊外趕到遼東去了。
這位阿勒坦便是明朝稱呼的俺答汗，俺答汗把大汗趕去遼東，後來又還出兵征服青海，並兩次征討衛拉特，最後還與明朝成達俺達封貢，他在土默川還發展農耕，建立了青色的城庫庫和屯（呼和浩特）。
甚至一度用兵西藏，還曾兵臨北京，後來皈依藏專佛教格魯派，直到萬曆十年去世，是當時蒙古最有實力的大汗。
直到達延汗七世孫林丹汗即位後，率領察哈爾南下，重回宣大邊外舊地，並對右翼土默特等進攻，並再度將他們征服，但林丹汗不敵女真，最終敗死，蒙古左右翼甚至是漠北喀爾喀，也都向女真歸附。
隻是時移事易，如今他們卻又都坐在這裏拜聖可汗朱以海。
他們以前跟清朝皇帝會盟過多次，也去北京朝拜過。
韃皇帝對於他們，是以拉攏為主，強調滿蒙一體，積極聯姻。
不過女真人對蒙古也是又拉又打的，比如當年從喀爾喀萬戶裏分離出來的內喀爾喀五部，明末時有十萬帳。
在萬曆年間，明朝對蒙古是拉一邊，打一邊，與土默特等右翼蒙古封貢貿易，卻不跟左翼蒙古貿易，於是處於察哈爾和科爾沁之間，實力又強的內喀爾喀五部，就在萬曆年間經常露臉，動不動就南侵。
不是暴打明軍，就是被明軍暴打，比察哈爾都活躍。
後來他們還跟努爾哈赤眉來眼去，又是聯姻又是結盟，一起對付海西女真，但後來因為明朝重金爭取內喀爾喀五部，於是他們十分滿足，也就不再搭理努爾哈赤。
努爾哈赤在薩爾滸大捷後，先陷開原再奪鐵嶺，這下內喀爾喀不願意了，因為明朝拉攏他們後，在鐵嶺設立了與內喀爾喀五部互市的邊市，鐵嶺被建州奪去，那他們以後就沒法互市了。