1998年6月，新加坡召集規模盛大的“跨世紀文化對話”而震動全球華文世界。對話主角是四個華裔學者，除首席餘秋雨教授外，還有哈佛大學的杜維明教授、威斯康辛大學的高希均教授和新加坡藝術家陳瑞獻先生。餘秋雨的演講題目是《第四座橋》。
1999年開始，引領和主持**鳳凰衛視對人類各大文明遺址的曆史性考察，成為目前世界上唯一貼地穿越數萬公裏危險地區的人文教授，也是9.11事件之前最早向文明世界報告恐怖主義控製地區實際狀況的學者。由此被日本《朝日新聞》選為“跨世紀十大國際人物”。
2002年4月，應邀為李白逝世地撰寫《采石磯碑》（含書法），鐫刻於安徽馬鞍山三台閣。
從2000年開始，由於環球考察在海內外所造成的巨大影響，一些媒體為了追求“逆反刺激”的市場效應而發起誹謗。先由北京大學一個學生誤信了一個上海極“左”派文人的傳言進行顛倒批判，即把周恩來總理為了搶救教育而布置的教材編寫組說成是“**寫作組”，並誤植了筆名“石一歌”。由此，形成十餘年的批判大潮，並隨之出現了一批“啃餘族”。據楊長勳教授統計，由官方媒體發表的誹謗文章多達一千八百多篇。餘秋雨先生對所有的誹謗沒有作任何反駁和回擊，他說：“馬行千裏，不洗塵沙。”
2003年7月，由於多年來在中央電視台的文化欄目中主持“綜合文史素質測試”而成為全國觀眾的最高收視熱點，上海一個當年的造反派首領就趁勢做逆反文章，聲稱《文化苦旅》中有很多“文史差錯”，全國有一百五十六家報刊轉載。10月19日，我國當代著名文史權威章培恒教授發文指出，經他審讀，那個人的文章完全是“攻擊”和“誣陷”。
2004年2月，由於有關“石一歌”的誹謗浪潮已經延續四年仍無消停跡象，卻又一直沒有出示任何證據，餘秋雨本人就采取了“懸賞”的辦法。宣布“隻要證明本人曾用這個筆名寫過一篇、一段、一節、一行、一句這種文章，立即支付自己的全年薪金”，還公布了執行律師的姓名。十二年後，餘秋雨宣布懸賞期結束，以一篇《“石一歌”事件》作出總結。
2004年3月，參加聯合國開發計劃署《人類發展報告》的設計、研討和審核。2004年年底，被聯合國教科文組織、北京大學、中華英才雜誌等單位選為“中國十大文化精英”、“中國文化傳播坐標人物”。
2005年4月，應邀赴美國巡回演講：
1）4月9日講《中國文化的困境和出路》（在紐約大學亨特學院）；
2）4月10日講《中國知識分子的問題所在》（在北美華文作家協會）；
3）4月12日上午講《空間意義上的中華文化》（在馬裏蘭大學）；
4）4月12日下午講《君子的腳步》（在華盛頓國會圖書館）；
5）4月13日講《時間意義上的中華文化》（在耶魯大學）；
6）4月15日講《中國文化所追求的集體人格》（在哈佛大學）；
7）4月17日講《中華文化的三大優勢和四大泥潭》（在休斯頓美南華文寫作協會）。
2005年7月20日在聯合國“世界文明大會”上發表主題演講《利瑪竇的結論》，論述中華文明自古以來的非侵略本性，引起極大轟動。演說的論據，後來一再被各國政界、學界引用。
2005年11月，應邀撰寫《法門寺碑》（含書法），鐫刻於陝西法門寺大雄寶殿前的映壁。
2006年4月，應邀撰寫《炎帝陵碑》（含書法），鐫刻於株洲炎帝陵紀念塔。
2005年—2008年，被**浸會大學聘請為“健全人格教育奠基教授”，每年在**工作時間不低於半年。
2007年1月，發表《問卜中華》，詳盡敘述了甲骨文的出土在中華文明瀕臨湮滅的二十世紀初年所帶來的神奇力量，同時論述了商代的曆史麵貌。
2007年3月，發表《古道西風》，係統敘述了中華文化的兩大始祖老子和孔子的精神風采。
2007年5月，發表《稷下學宮》，對比古希臘的雅典學院，首度將兩千年前東西方兩大學術中心進行對比。
2007年7月，發表《黑色的光亮》，以充滿感情的筆觸表現了被中國文化史長期冷落的平民思想家墨子的人格光輝。
2007年8月，應邀為七十年前解救大批猶太難民的中國外交官何鳳山博士撰寫碑文（含書法），鐫刻於湖南益陽何鳳山紀念墓地。
2007年9月，發表《詩人是什麼》，論述“中國第一詩人”屈原為華夏文明注入的詩化魂魄，分析了他獲得全民每年紀念的原因，並解釋了一些曆史誤會。
2007年11月，發表《曆史的母本》，以最高坐標評價了司馬遷為整個中華民族帶來的曆史理性、曆史品格和曆史力量。
2008年5月12日，中國發生“汶川大地震”，第一時間趕到災區參加救援。見到遇難學生留在廢墟間的破殘課本，決定獨資捐建三個學生圖書館，卻被人在網絡上炒作成“詐捐”，在全國範圍喧鬧了兩個月之久。後由災區教育局一再說明捐建實情，又由王蒙、馮驥才、張賢亮、賈平凹、劉詩昆、白先勇、餘光中等名家紛紛為三個學生圖書館題詞，風波才得以平息。