明清時期最高的官署稱為內閣。
明洪武十三年（公元1380年），朱元璋為了加強中央集權，廢丞相，罷中書省，仿照宋代製度，置華蓋殿、謹身殿、武英殿、文淵閣、東閣等大學士做皇帝顧問。又置正五品文華殿大學士輔助太子。明成祖即位後，召大學士入文淵閣參預機務，稱為內閣。此後，內閣在朝中地位得到了很大的提高，位居六部尚書之上，內閣大學士雖無宰相之名，卻有著宰相的權力。
清代將明代這一製度繼承下來，但因實權掌握在滿洲貴族手中，參與重要政務的人多由皇帝指定，並不一定是內閣成員，所以內閣的地位有所降低。軍機處成立後，軍機處掌握著實際的權力，內閣已名存實亡。不過，在名義上內閣仍為清代最高級官署，負責傳達皇帝諭旨、公布文告。