遺憾的是，煉金術一直都停留在理論的階段，很少有實踐上的突破，而這門高深的技術還未研究出來，希臘文明便衰落了，煉金術隨後傳到羅馬。
雖然羅馬帝國在當時盛極一時，但煉金術的研究並未像這個帝國那麼輝煌燦爛，相反它在很長一段時間內都處於停滯狀態，原因正是因為基督教。公元311年，羅馬帝國將基督教作為國教，從此煉金術迎來了黑暗時期。因為基督教的教規中第一條規定，不可試探神，而煉金術士則認為，煉金術是探索世界的方法之一，這與基督教所宣揚的隻能通過教會去認識世界的一神教論嚴重背離。於是，煉金術遭到基督教會全麵禁止，教皇宣布煉金術士為巫師，煉金術為“異端”學術，從此，煉金術的研究在羅馬一蹶不振。
雖然基督教阻礙了羅馬帝國的煉金術發展，卻給了周邊的國家更好的機會，魔法石依舊顯示出永恒的魅力，這種魅力令阿拉伯世界為之傾倒。
在羅馬帝國分裂後的三百年，阿拉伯世界開始崛起。從公元7世紀開始，阿拉伯人花了300年的時間來擴大自己的勢力範圍，他們相繼攻滅了波斯，擊敗了拜占庭，占領了西班牙。對於基督教世界來說，最可怕的事情就發生在這個時候，基督教的聖城耶路撒冷落入穆斯林手中。從此，一個鮮為人知的寶藏徹底不在基督教世界的掌控之中。
此時的基督教世界並不是忙著抵抗阿拉伯人的入侵，而是急於驗明正身。由於基督教已正式分裂為東正教和天主教，那麼誰才是真正的基督教正統呢？雖然雙方都宣稱自己是正統，但正統不是自己鼓吹自封就能被公認的，作為正統一定要有信物，要給所有世人足以證明自己合法性的證據。相對於東正教而言，他們是幸運的，而天主教是不幸的，因為它所依附的西羅馬帝國在公元480年滅亡了，而東羅馬帝國依然存在。這對於天主教無疑是巨大的打擊，將基督教封為國教的羅馬帝國滅亡了，被上帝保佑的國度覆滅了，基督徒會怎麼想？他們會質疑上帝的存在，質疑基督教的權威。特別是在1054年阿卡西烏分裂事件後，雙方相互開除對方教籍，處於劣勢的天主教更加急迫需要找到證明自己正統性的證據，而他們苦苦尋找了很久，卻始終沒有找到。
就在這時，阿拉伯世界的煉金術士們提出了一種萬能之物，由此引起了羅馬天主教會的注意。雖然阿拉伯世界的煉金術士們對煉金術的研究起步晚，大約在公元7世紀，阿拉伯世界的煉金術士們才開始對煉金術的研究，但是他們有前人豐富的研究成果作基礎，因此，在公元9世紀之後，他們就和希臘的煉金術士一樣發現了在煉金過程中必須有一種特殊物質的存在才有可能成功。這種物質能導致金屬的轉變，他們不約而同地認為這就是“哲人之石”，而且是可以令人長生不老的靈丹妙藥。不同的是，希臘的煉金術士將這種轉變的物質稱為“種子”，他們認為要得到不同的物質需要不同的“種子”，而要得到黃金就必須要有“黃金種子”。但阿拉伯世界的煉金術士們卻認為其實不需要這麼多的“種子”，隻需要獲得一種可以“嬗變”的物質，這種物質是唯一的萬能之物，也就是傳說中的“哲人之石”——魔法石。
煉金術士們提到的神秘物質就這樣引起了羅馬天主教會的注意，因為他們發現了其中內在的關聯，點石成金與長生不老，這兩點隻有萬能的上帝才能做到，一旦誰擁有了這種物質便自然獲得基督教世界的正統地位，這是一個可以說服世間所有人的證據，而且是不可質疑的權威證據？羅馬天主教會秘密研究了《聖經》之後，發現了這個神秘物質的藏身之處就在耶路撒冷。