散朝之後，回到何府，何進對楊奉道：“今日在朝堂之上，張讓指證楊賜的時候，賢侄若是能及時說此事乃是楊賜指使，賢侄自是可以完全洗刷清白，你可知今日之事好險，若非楊賜應變極快，隻怕你們二人今日皆會獲罪。老夫一直對你使眼色，賢侄為何視而不見？”
楊奉一聽這話，便知道自己在朝堂上的猶豫使得何進起了疑心，於是道：“叔父有所不知，小侄雖然三年前才認祖歸宗，但叔父楊賜對小侄不薄，今日若是小侄如此反咬一口，固然能夠置身事外，將所有罪責盡數推在叔父楊賜的身上，然小侄豈非成了不義之人，叔父難道要小侄成為不義之人嗎？”
若是楊奉真的如此，今日可反楊賜，他日自是又可反何進，這當然不是何進想要的結果，當下歎了一口氣道：“老夫也非是怪你，隻是這次的機會甚是難得，何況又是張讓發起的進攻，賢侄的一時仁慈差點將自己推入萬劫不複之地，須知，在有些情況下，是不需要顧慮太多的。楊賜即便獲罪，決計不會丟掉性命，最多隻是罷官回家，如此一來，鄧盛一人便孤掌難鳴，‘清流’一派就會並入咱們一派之中，咱們的實力便會大增，閹黨一派自然不在話下。不過與此相比，賢侄的有情有義更是難得，隻是日後若想再有這樣的機會就更難了。”
告辭何進之後，楊奉回到了何進為自己安排的住處，看著纖雪和婉露兩人忙碌的身影，不禁感歎，何進雖然隻是一個屠夫出身，但是在官場上的老練和狠毒甚至遠遠超過了楊賜，看來何進並不是像曆史上記載的那樣無能。
在洛陽又呆了兩天，楊奉便向何進告辭，回漢中去了。何進知道此間事已了，楊奉也不宜在洛陽久留，於是便讓派了兩千騎兵在路上保護楊奉的安危。
楊奉剛走了兩天，靈帝忽然得到急報，張角之弟張寶自從離開廣宗城之後，便占據下曲陽，聚眾十萬餘人，聲勢浩大。靈帝急忙召見大將軍何進、太尉鄧盛、太常楊賜商議（本來這件事情以楊賜的太常身份來講，是沒有資格參與的，但是靈帝很清楚楊賜的能力，便破例讓楊賜參與），本來大家都認為楊奉是最佳的人選，但是楊奉卻已經走了兩天，此時再追，已是來不及。
恰在此時，皇甫嵩和天使因未能見到楊奉大軍，回京複命，何進便趁機保舉皇甫嵩為帥，率軍六萬進攻下曲陽。六萬人馬已經是靈帝此時在洛陽能召集的最多人馬了，楊奉攻下廣宗和經縣，手下將士死傷甚多，四萬人馬隻剩下了兩萬多人。靈帝便從防禦京師的軍隊中抽調了四萬人，湊了一支六萬的軍隊交給了皇甫嵩。
皇甫嵩或許不是張角的對手，但是和張寶相比，卻是還是略高一籌的，雖然張寶也是一個智勇雙全的帥才，更何況這次皇甫嵩還招攬了三個英雄：劉備、關羽和張飛。所以，僅僅一個月的時間，皇甫嵩便攻下了下曲陽，張寶死於關羽的青龍偃月刀下，其手下的十萬人馬全部被殺，真是血灑下曲陽城，自此之後，皇甫嵩的名字威震天下，大有趕超楊奉的趨勢，而劉備、關羽、張飛的名字也開始被他人所知，事後，楊奉知道此事，暗中佩服劉備真是無孔不入。
至此，黃河南北的幾支黃巾軍主力已先後被官軍及地方豪強武裝各個擊破，但黃巾軍餘部仍然堅持鬥爭。中平五年二月，北方黃巾餘部在郭太(一名郭大)領導下於白波穀(今山西襄汾永固鎮)重舉義旗，號為“白波黃巾”，攻太原、入河東(郡治安邑，今山西夏縣西北禹王城)，擊敗董卓大將牛輔的進剿，卻被丁原率手下的大將呂布擊敗，郭太兵敗之後自殺。
五月，馬相、趙祗自號黃巾，起義於四川綿竹(今四川綿竹東南)，連破辛潼、巴郡、陰平、汶山等郡縣，基本控製了益州北部（後文還有詳細介紹）；同年十月，青徐黃巾軍複起，攻北海。但由於各部義軍缺乏統一指揮，各自為戰，終被各地豪強各個擊破，先後敗亡。
黃巾起義是我國曆史上第一次在宗教掩護下有組織有準備的一次大規模的農民戰爭，為後來的曆次農民起義提供了寶貴的經驗，在中國農民戰爭史上占有重要地位。黃巾農民起義戰爭的成功經驗，主要表現在以下四點：
第一、它提出了明確的鬥爭目標，即消滅東漢政權，建立自己的統治，這對號召和團結人民參加起義起到了重要的作用。
第二、利用宗教形式進行起義的宣傳和組織工作，麻痹了官府，積蓄了力量，為舉行起義作好了比較充分的準備。
第三、起義計劃製訂得比較周密、具體。所謂“內外俱起”、“八州並發”就反映了這一特點。盡管後來由於叛徒的告密，使這一起義計劃的實施遇到很大的困難，但經張角果斷處置，它基本上還是得到了落實，從而給東漢王朝以沉重的打擊。
第四、鬥誌堅決，寧死不屈，敢於攻堅，勇於犧牲，以此向天下昭示了起義將士的鬥爭精神和高尚氣節。
但是黃巾農民戰爭失敗的教訓同樣是非常深刻的。它同所有失敗的農民起義一樣，沒有遠大的戰略眼光(如陳勝吳廣起義、綠林起義、赤眉起義、隋末農民起義、黃巢起義、明末李自成、張獻忠農民起義、太平天國運動)，因此提不出更具體的策略方針；它沒有建立起後方基地和有組織的戰鬥部隊，因此部隊保障受到限製，戰鬥行動受到掣肘；它缺乏統一的指揮和互相的配合，各自為戰，因此造成戰區上的孤立、分割態勢，以致為敵占優勢的主力軍所各個擊破。
另外，它不懂得在敵強我弱的形勢下采取運動戰、遊擊戰等機動作戰形式的重要性，因此熱衷於城池的攻守，將起義軍主力膠著於一地，同敵人打硬仗、拚消耗，直至耗盡自己戰鬥力而被擊敗。所有這些，都是起義軍在戰略上和作戰指導方麵的嚴重失策，也是直接導致這場轟轟烈烈的農民革命戰爭失敗的原因。
就在皇甫嵩在下曲陽與張寶大戰的時候，宛城因楊奉的大軍撤走，無人把守，便又被一些黃巾餘孽聚眾占領，竟然也達到十萬之眾。宛城黃巾餘孽的頭領便是昔日張曼成手下的第三號人物孫夏。當日楊奉設計大敗趙弘，並且收降了趙弘。因孫夏速與趙弘不合，如今趙弘投降，留守宛城的孫夏聽到消息，見事不妙，倉皇逃走，拾得一條性命。現在孫夏見宛城空虛，楊奉又回到漢中，膽子便大了起來，聚眾殺回，重新占據宛城。
在大將軍何進的舉薦下，靈帝命都騎尉曹操前往征討，由於洛陽已經無兵可派，靈帝隻得讓曹操在沿途抽調各地官兵，到了南陽之後卻也有了五萬人馬，更有吳郡人孫堅率領三千人馬加入，曹操任命其為隨軍司馬，由於孫堅素有“江東猛虎”的美名，使得曹操軍勢大振。
如今黃巾主力已被逐一消滅，曹操料定孫夏雖然有十萬之眾，卻必然都是烏合之眾，不堪一擊，於是，來到宛城後，便命令大軍攻城。司馬孫堅作戰果然勇猛異常，率領部眾率先登上城頭，孫夏見事不妙，僅率領一萬多人敗走，曹操和孫堅追至西鄂精山，大敗孫夏，斬首萬餘級，孫夏也被孫堅手下大將程普一矛挑死了。
十二月，靈帝大赦天下，改元中平。
因為靈帝是在十二月改元，所以中平元年隻有不到一個月的時間，但是就在這短短十多天，發生了一件事情。
豫州刺史王允大破黃巾，得張讓的賓客寫的書信，大意就是與黃巾私通，王允將書信呈給了靈帝。靈帝大怒，張讓沒想到這樣的證據竟然能到了王允手中，便在靈帝麵前磕頭謝罪，隻是說手下人所為，自己絲毫不知，結果靈帝竟然沒有治張讓的罪。
後來，張讓找了個罪名誣陷王允，王允被蒙入獄，遇到靈帝大赦天下，依然還為刺史；不到十天的時間，在張讓等人的刻意陷害之下，王允又因為其他罪名再次入獄。楊賜不願看到王允蒙冤受屈，於是和太尉鄧盛率領“清流”一派的眾官以探望王允為由，勸他道：“如今張讓勢大，皇上甚是寵信，我等不可當麵與之敵，如今子師便是張讓等人刻意陷害，一月兩次入獄，子師不妨忍耐一下，向張讓示好，暫解危機，以為東山再起。”其他眾人也是順著楊賜的話相勸王允。
不料王允絲毫不為之動，厲聲道：“我王允身為人臣，被皇上下獄，即使是受到張讓陷害，但自古忠奸不能兩立，更何況大丈夫豈能向閹人求辱乎！”王允說話之間，心中怒極，沒想到楊賜也能說出這樣的話來，竟將杯子砸向楊賜，楊賜甚是羞愧。
後來，王允的話傳到了何進與袁槐的耳中，二人對王允的氣節甚是欽佩，於是，在三天後，大將軍何進與太尉鄧盛、太常楊賜、司徒袁隗共同上疏靈帝，才使得王允得保性命，但是豫州刺史的職位卻是終究沒能保住，被授以京兆尹的職位。