俺答汗之後，其妻三娘子主政蒙古右翼三十年，約束蒙古各部，保持了與明朝的和平通貢互市關係。
俺達汗時，右翼土默特俺答汗的勢力迅速壯大，在東邊，是朵顏兀良哈人的牧地。當時，左翼的察哈爾部南下控製了兀良哈人的北部諸部時，俺答汗便爭奪了兀良哈人南麵諸部的控製權。
當時為了管理控製的這些兀良哈部，俺答汗便派自己的長子辛愛黃台吉攜其子孫，率部份土默特部眾，從土默川地區向東遷徙，到達宣府邊外、獨石、薊州的滿套兒一帶，與東南部兀良哈人共同駐牧。
後來俺答汗去世，辛愛黃台吉返回呼合浩特繼承汗號和順義王位，並繼娶三娘子。他在東土默特的領地則由其子噶爾圖統領，並繼續同兀良哈人駐牧一場。
等到了林丹汗時代，左翼察哈爾重新強大起來，林丹汗圖謀效仿當年達延汗，重新一統蒙古各部，他一麵不肯向後金臣服，一麵又對東土默特發動兼並戰爭。
這場戰爭，最終東土默特部戰敗，戰敗後，東土默特部族在噶爾圖之子鄂木布楚琥兒的率領下，歸附了後金。他們歸附後金後，從原駐地滿套兒東遷，一直遷到了如今遼陽的朝陽一帶遊牧。
他們到了朝陽一帶後，繼續與兀良哈密切接觸，有了更緊密的聯姻關係，兀良哈人也成為黃金家族的塔布囊，也就是駙馬。
後金天聰九年，後金封鄂木布楚琥兒為劄薩克，將他的部眾和駐牧之地編為了土默特右翼旗，而與東土默特聯姻的塔布囊兀良哈人莽古爾岱，他的部眾在後金時遷居到了朝陽附近的阜新一帶，並統領了土默特部中的蒙古勒津蒙古人，到後金天聰三年，莽古爾岱的孫子善巴率部歸附後金，後金便將善巴部眾編為土默特左翼旗，封他為劄薩克。
因此，東土默特部就形成了黃金家族台吉和兀良哈“塔布囊”異姓同牧的局麵。
俺答汗所在的呼和號特本部，被稱為西土默特，當年俺答汗強大時，曾經仿元大都和北京城，在大青山以南和大小黑河之間，建造了一座草原之城，庫庫和屯，意為青色之城。此後，他還續建了長達二十裏的外城，並興辦草原手工製造業，使城市人口逐年增多，這座草原城市具備了更大的規模。
在此後的近百年時間裏，這裏都極為繁華。
不過俺答汗之後，風水輪流轉，到林丹汗時，被趕到遼東去的察哈爾部又殺了回來。他們擊敗了東土默特後，一路向右翼蒙古地區進發，先後擊敗喀喇沁、土默特等部，占據xxxx，控製了右翼蒙古廣大地區。當時土默特博碩克圖汗（阿勒坦汗四世孫）逃至鄂爾多斯，並於次年去世。其部眾不願受林丹汗奴役，四處逃亡，土默特部處於分崩離析狀態。
後金西征察哈爾後，認識到西土默特地區的戰略位置重要性，明白這裏可以北控漠北、漠西，統禦蒙古，南還可以逐鹿中原進攻明朝，同時土默特也是當時蒙古的大部落，尤其擁有極強的威望，僅次於宗主部察哈爾，因此便一直留守大將駐守。
黃台吉改後金為清後，女真便把西土默特部剩下的牧民丁口，分作左右兩翼，每翼一旗，並任命了兩個新的旗主。隻是這兩個旗主卻不是俺答汗的後裔，以此鏟除黃金家族對土默特的統治權。
如今的土默特，分為東西兩大部，東部土默特從遼西北部再往北遷，在漠南省內。而西土默特，在山西省的北麵的綏遠省內。
可不管是東土默特的兩翼旗還是西土默特的兩翼旗，經曆了蒙古左右兩翼的內戰，以及女真人的打壓後，他們不斷人口銳喊，牧場縮減，地盤也不斷的被壓縮，實力大降。
原先女真把察哈爾遷到大同北，分封四旗，現在大漢的察哈爾八郡所分封的領地，其實都是過去土默特的地盤。
現在的土默特分為東西兩部，各分劃了六個郡，共分封了四位伯爵，以及一大群的子爵男爵等。