直隸、中原、三江、閩浙這幾個軍區叛亂的雖有，但暫時規模都還很小，沒有什麼成樣的叛軍勢力，多是些小股勢力，且比較分散。劉鈞讓這幾省的文武官員，派兵進剿，並加強防禦。
“剿逆平亂，首先就是按軍區劃界，各自做好本省之內防禦，禁止叛軍出省，也不得其它省叛軍流竄進入。各自守好各自防區，同時監視好本省內動靜。”
至於叛軍作亂比較厲害的川湖和中原、陝甘、兩廣、雲貴這幾個軍區，則要求地方文官加強圍剿外，劉鈞還將調精兵進駐協剿。
尤其是叛軍勢力較強的中原和雲貴、陝甘這三個軍區，劉鈞各調精銳前往。往中原調一鎮五萬人協剿，陝甘和雲貴，則各調派兩個整編軍進剿，各六萬人馬。
“首先當拿下洛陽。”傅山向劉鈞建議，“臣提議應當先集中兵馬圍攻洛陽，待洛陽拿下之後，再兵分三路，一路陝甘，一路川湖，一雲貴。”
“洛陽是叛軍中心，攻破洛陽，擒住朱常洵、李自成，必能取得震懾天下的效果。”
李邦華提出一點擔憂，“這樣兵分多路，兵力不免分弱，且補給等會負擔極重。不若自北向南，一路平定過去。這樣大軍南下，也不會有後顧之憂。”
“糧食的問題不用擔憂。”劉鈞道，各地已經開始了夏收，軍隊南下可以就地解決糧食。而且糧食總署也在各地興建糧站糧倉，其中在一些重要的水陸碼頭，都興建了大型的糧倉，裏麵都囤有不少糧食，本來就是為了各地有需，可以隨時轉運的。現在要平亂打仗，這些糧倉正好補給。
不過對於剿匪的路線，劉鈞有自己的想法。
“朕打算兵分三路，一路搭乘戰艦沿海南下，將山東、三江、閩浙、兩廣等省的叛軍平定。而另一路則自從京師入山西，然後一路南下，最後進攻洛陽，再入陝甘平亂。最後一路，自運河南下，沿直隸、河南、江北入長江，再逆江而上，進剿長江一沿線的兩湖、四川。
最後，東路海上這一支兵馬自廣西入雲貴，中路長江這一路，也在平定四川叛亂後進入雲貴，兩路兵馬彙總。
最後陝甘的這一路，平定關中後，一路向西，最後打到青海去。”
劉鈞的計劃相當寵大，三路大軍，每路軍兩個整編軍組成，足六萬兵馬。劉鈞甚至並不隻是衝著那些前明的宗室們去的，他還要趁此機會把那些土司也收拾一遍。
這六鎮兵馬剿平叛亂後，以後就要常駐西南和西北，廣西、雲南、貴州、四川、陝西、甘肅，六個省，每省駐一個整編軍。
“在這三路平叛大軍外，各省駐軍和鄉軍等負責好本省防禦。張山和蔡遠以及齊國遠的河南兵馬，將作為總預備軍。”
“三路大軍由誰率領？”兵部尚書張國維問。
“任命兩廣總督劉允升為鎮東將軍，統領東路軍兩鎮兵馬，負責東南平亂。”
“任命陝甘總督鄭芝龍為平西將軍，統領西路兩鎮兵馬，負責西北平亂。”
“任命川湖總督秦良玉為定南將軍，統領中路兩鎮兵馬，負責西南平亂。”
“任命川湖提督張山為平賊將軍，任命中原提督蔡遠為蕩寇將軍，統領所部協助平亂。”
除了張山和蔡遠的預備軍是本部外，其餘三位總督統領的兩鎮兵以，都不是本省的駐軍，而是自京畿調派南下的，也是大漢最精銳的部隊。